More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2866 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 326 aa  665    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  43.81 
 
 		 325 aa  276  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.07 
 
 		 347 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.38 
 
 		 325 aa  273  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 		 322 aa  272  5.000000000000001e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.03 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 320 aa  265  8.999999999999999e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.67 
 
 		 318 aa  264  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.53 
 
 		 324 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.67 
 
 		 337 aa  261  8.999999999999999e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.35 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.59 
 
 		 347 aa  260  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 		 319 aa  259  6e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.46 
 
 		 343 aa  255  8e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.49 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 321 aa  250  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  41.32 
 
 		 350 aa  249  5e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.38 
 
 		 342 aa  247  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.19 
 
 		 332 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.19 
 
 		 332 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.56 
 
 		 331 aa  245  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.51 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.5 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.92 
 
 		 346 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.44 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.83 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.83 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.66 
 
 		 320 aa  243  5e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 		 324 aa  241  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.33 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 		 357 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.66 
 
 		 321 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.25 
 
 		 332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.17 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.9 
 
 		 334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 		 333 aa  239  5e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.44 
 
 		 353 aa  239  5.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.68 
 
 		 351 aa  239  5.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.18 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  39.18 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  39.18 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.18 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.18 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.18 
 
 		 354 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 346 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  37.26 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 		 329 aa  237  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  39.31 
 
 		 356 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 		 337 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.86 
 
 		 317 aa  235  8e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.51 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.65 
 
 		 381 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.63 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.63 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.01 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.63 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.63 
 
 		 355 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.91 
 
 		 343 aa  232  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.83 
 
 		 327 aa  233  5e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.99 
 
 		 355 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 		 356 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.99 
 
 		 355 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 353 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.97 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.56 
 
 		 354 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.48 
 
 		 322 aa  231  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 		 356 aa  229  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 		 336 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.32 
 
 		 355 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.31 
 
 		 322 aa  230  3e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  39.2 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.56 
 
 		 352 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.92 
 
 		 353 aa  229  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.32 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 		 354 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.87 
 
 		 356 aa  229  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  38.63 
 
 		 338 aa  228  9e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.89 
 
 		 337 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.92 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  41.23 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.58 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  38.19 
 
 		 333 aa  227  2e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.18 
 
 		 354 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.86 
 
 		 352 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.53 
 
 		 332 aa  226  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  37.15 
 
 		 362 aa  226  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.53 
 
 		 332 aa  226  3e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.89 
 
 		 322 aa  226  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.39 
 
 		 327 aa  226  3e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 		 322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 322 aa  225  6e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 322 aa  225  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 322 aa  225  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>