More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2533 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2533  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
467 aa  964    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000148885  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1366  glutamyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
468 aa  582  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000255518  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  56.22 
 
 
466 aa  549  1e-155  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  56.1 
 
 
467 aa  544  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1736  glutamyl-tRNA synthetase  55.82 
 
 
465 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.872954  normal  0.596825 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  54.41 
 
 
467 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  55.05 
 
 
467 aa  524  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1409  glutamyl-tRNA synthetase  54.37 
 
 
463 aa  513  1e-144  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3484  glutamyl-tRNA synthetase  53.09 
 
 
469 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0584  glutamyl-tRNA synthetase  51.72 
 
 
466 aa  502  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0242919  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0075  glutamyl-tRNA synthetase  52.37 
 
 
464 aa  495  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1650  glutamyl-tRNA synthetase  51.84 
 
 
466 aa  492  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.93151e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1302  glutamyl-tRNA synthetase  49.89 
 
 
471 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1274  glutamyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
472 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1892  glutamyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
473 aa  461  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
466 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
466 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0298  glutamyl-tRNA synthetase  49.14 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1251  glutamyl-tRNA synthetase  49.15 
 
 
474 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.75767  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1352  glutamyl-tRNA synthetase  49.15 
 
 
474 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0213404  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2779  glutamyl-tRNA synthetase  47.08 
 
 
471 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00021769  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02306  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000163468  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1259  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000107097  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2649  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000633167  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02267  hypothetical protein  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000211719  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2607  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00191122  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2552  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112104  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2673  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0521229  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2537  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.81823e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2689  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000585345  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2558  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000165684  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1272  glutamyl-tRNA synthetase  46.65 
 
 
471 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000352174  hitchhiker  0.00569831 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2779  glutamyl-tRNA synthetase  47.08 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000172763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3632  glutamyl-tRNA synthetase  47.08 
 
 
471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000908657  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1234  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
468 aa  450  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.966582  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2597  glutamyl-tRNA synthetase  48.51 
 
 
474 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0814  glutamyl-tRNA synthetase  47.49 
 
 
468 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.407873  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3417  glutamyl-tRNA synthetase  46.22 
 
 
469 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634908  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2648  glutamyl-tRNA synthetase  48.28 
 
 
464 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1437  glutamyl-tRNA synthetase  46.02 
 
 
471 aa  448  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000838412  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1325  glutamyl-tRNA synthetase  46.02 
 
 
471 aa  448  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.99689e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1579  glutamyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 
470 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496089  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1055  glutamyl-tRNA synthetase  46 
 
 
471 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.291926  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2207  glutamyl-tRNA synthetase  46.42 
 
 
469 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000288711  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2739  glutamyl-tRNA synthetase  45.81 
 
 
471 aa  445  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000464093  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2931  glutamyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000400457  normal  0.117314 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1875  glutamyl-tRNA synthetase  47.17 
 
 
470 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1191  glutamyl-tRNA synthetase  45.57 
 
 
471 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1456  glutamyl-tRNA synthetase  45.99 
 
 
469 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000100274  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1264  glutamyl-tRNA synthetase  48.2 
 
 
471 aa  438  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0996  glutamyl-tRNA synthetase  47.58 
 
 
464 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.990972 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1216  glutamyl-tRNA synthetase  47.95 
 
 
470 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000500466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1626  glutamyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 
470 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0744892  normal  0.201462 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1886  glutamyl-tRNA synthetase  46.96 
 
 
470 aa  436  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3084  glutamyl-tRNA synthetase  45.36 
 
 
471 aa  435  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00745356  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2102  glutamyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 
479 aa  436  1e-121  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00226932  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1728  glutamyl-tRNA synthetase  45.77 
 
 
469 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000433955  normal  0.283148 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0696  glutamyl-tRNA synthetase  48.28 
 
 
463 aa  437  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69774  normal  0.269454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3216  glutamyl-tRNA synthetase  46.24 
 
 
470 aa  433  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0264  glutamyl-tRNA synthetase  47.71 
 
 
469 aa  433  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.530461  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1449  glutamyl-tRNA synthetase  45.34 
 
 
469 aa  434  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000565413  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2714  glutamyl-tRNA synthetase  44.66 
 
 
469 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2906  glutamyl-tRNA synthetase  45.53 
 
 
469 aa  434  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000836575  normal  0.409064 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2798  glutamyl-tRNA synthetase  44.71 
 
 
472 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0783891  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2499  glutamyl-tRNA synthetase  45.32 
 
 
469 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1554  glutamyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 
469 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000003282  normal  0.0351282 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2947  glutamyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 
469 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000528448  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1365  glutamyl-tRNA synthetase  45.32 
 
 
469 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000124879  normal  0.0325353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1430  glutamyl-tRNA synthetase  45.32 
 
 
469 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000061517  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0930  glutamyl- and glutaminyl-tRNA synthetases  44.76 
 
 
495 aa  429  1e-119  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390655  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2822  glutamyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 
469 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000059188  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1418  glutamyl-tRNA synthetase  45.32 
 
 
469 aa  431  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000145575  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2802  glutamyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 
469 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000260001  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004184  glutamyl-tRNA synthetase  45.28 
 
 
475 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926878  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1132  glutamyl-tRNA synthetase  45.71 
 
 
490 aa  428  1e-118  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1645  glutamyl-tRNA synthetase  48.74 
 
 
475 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.821622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1806  glutamyl-tRNA synthetase  45.2 
 
 
509 aa  422  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01271  glutamyl-tRNA synthetase  44.85 
 
 
475 aa  425  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  44.78 
 
 
469 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000159151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0456  glutamyl-tRNA synthetase  44.37 
 
 
480 aa  425  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0192  glutamyl-tRNA synthetase  46.2 
 
 
463 aa  420  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2028  glutamyl-tRNA synthetase  47.84 
 
 
467 aa  416  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3252  glutamyl-tRNA synthetase  47.55 
 
 
473 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1590  glutamyl-tRNA synthetase  45.79 
 
 
467 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000281277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2533  glutamyl-tRNA synthetase  44.69 
 
 
473 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000038789  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1273  glutamyl-tRNA synthetase  44.12 
 
 
477 aa  417  9.999999999999999e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.692147  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1950  glutamyl-tRNA synthetase  47.84 
 
 
467 aa  413  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0456  glutamyl-tRNA synthetase  42.42 
 
 
466 aa  413  1e-114  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0184  glutamyl-tRNA synthetase  46.03 
 
 
480 aa  414  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.527143 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2350  glutamyl-tRNA synthetase  43.01 
 
 
474 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1734  glutamyl-tRNA synthetase  46.87 
 
 
472 aa  409  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.70962  normal  0.372059 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1209  glutamyl-tRNA synthetase  46.3 
 
 
467 aa  409  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0142351 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0944  glutamyl-tRNA synthetase  46.26 
 
 
472 aa  411  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163057  hitchhiker  0.00772012 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3180  glutamyl-tRNA synthetase  47.2 
 
 
490 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409628  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4369  glutamyl-tRNA synthetase  47.98 
 
 
471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04820  glutamyl-tRNA synthetase  46.3 
 
 
467 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1105  glutamyl-tRNA synthetase  46.71 
 
 
473 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1604  glutamyl-tRNA synthetase  45.89 
 
 
465 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161822  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1531  glutamyl-tRNA synthetase  44.81 
 
 
501 aa  406  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.177187  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0526  glutamyl-tRNA synthetase  43.53 
 
 
494 aa  404  1e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>