More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2311 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  100 
 
 
371 aa  775  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.41 
 
 
346 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.1721e-08  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.03 
 
 
351 aa  363  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  54.14 
 
 
360 aa  361  1e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.06 
 
 
343 aa  359  4e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.1547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  53.53 
 
 
351 aa  358  8e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  52.94 
 
 
351 aa  355  9e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.15048e-35 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.33 
 
 
347 aa  345  6e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  51.92 
 
 
371 aa  337  1e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  50 
 
 
372 aa  332  8e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  49.71 
 
 
372 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  49.42 
 
 
372 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  46.61 
 
 
342 aa  327  2e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  48.41 
 
 
376 aa  315  7e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  47.13 
 
 
428 aa  308  8e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  48.19 
 
 
391 aa  308  1e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.8 
 
 
381 aa  304  1e-81  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.65 
 
 
373 aa  303  2e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  47.54 
 
 
377 aa  304  2e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.46 
 
 
354 aa  302  6e-81  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  46.29 
 
 
377 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  46.47 
 
 
399 aa  301  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.87 
 
 
371 aa  300  2e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  45.51 
 
 
399 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  44.82 
 
 
372 aa  299  7e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  45.38 
 
 
399 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  45.78 
 
 
399 aa  298  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  43.54 
 
 
404 aa  298  8e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.34 
 
 
373 aa  298  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.91 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.91 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.61 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.61 
 
 
373 aa  296  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  46.46 
 
 
378 aa  296  5e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.61 
 
 
373 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.32 
 
 
373 aa  295  6e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  44.57 
 
 
390 aa  295  7e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  44.48 
 
 
392 aa  295  7e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  44.48 
 
 
392 aa  295  7e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.32 
 
 
373 aa  295  8e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  45.03 
 
 
371 aa  295  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60208e-10 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  44.2 
 
 
392 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.65 
 
 
358 aa  294  2e-78  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.32 
 
 
373 aa  294  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  47.09 
 
 
410 aa  293  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  46.25 
 
 
356 aa  293  3e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.78 
 
 
380 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  45.51 
 
 
398 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  44.74 
 
 
359 aa  293  3e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.38 
 
 
398 aa  293  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  47.31 
 
 
403 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  43.4 
 
 
349 aa  293  3e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  44.74 
 
 
382 aa  293  4e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.32 
 
 
373 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.43 
 
 
373 aa  293  5e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.73 
 
 
373 aa  292  6e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  46.61 
 
 
413 aa  292  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  47.58 
 
 
402 aa  292  6e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  46.65 
 
 
358 aa  292  8e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  44.74 
 
 
382 aa  291  1e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.43 
 
 
373 aa  291  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0900  hypothetical protein  46.33 
 
 
372 aa  291  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.31 
 
 
386 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  46.5 
 
 
396 aa  290  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  43.92 
 
 
391 aa  290  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  45.29 
 
 
425 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  45.22 
 
 
399 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.44 
 
 
372 aa  289  5e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.82 
 
 
373 aa  289  6e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  46.92 
 
 
414 aa  288  8e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.95 
 
 
373 aa  288  8e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  45 
 
 
425 aa  288  8e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44 
 
 
356 aa  288  9e-77  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  45.29 
 
 
425 aa  288  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.82 
 
 
359 aa  288  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  45.76 
 
 
406 aa  287  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  43.63 
 
 
366 aa  288  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.16 
 
 
354 aa  287  2e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  46.97 
 
 
429 aa  286  6e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.78 
 
 
356 aa  285  6e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.78 
 
 
356 aa  285  7e-76  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  46.79 
 
 
365 aa  285  8e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  46.57 
 
 
408 aa  285  9e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  44.28 
 
 
364 aa  285  1e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  44.04 
 
 
404 aa  284  2e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.73 
 
 
398 aa  284  2e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  44.44 
 
 
369 aa  283  2e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.48 
 
 
356 aa  284  2e-75  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  45.45 
 
 
397 aa  283  2e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.86 
 
 
388 aa  283  4e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  43.54 
 
 
397 aa  282  6e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  44.1 
 
 
427 aa  282  6e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  42.27 
 
 
362 aa  282  6e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  42.57 
 
 
384 aa  282  7e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>