More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2310 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2310  signal recognition particle protein  100 
 
 
443 aa  895    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0985246  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2225  signal recognition particle protein  62.14 
 
 
451 aa  560  1e-158  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000252662  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3304  signal recognition particle protein  61.36 
 
 
492 aa  557  1e-157  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.4 
 
 
452 aa  545  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  60.36 
 
 
449 aa  545  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  59.96 
 
 
452 aa  537  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2449  signal recognition particle protein  61.19 
 
 
463 aa  533  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000152943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3432  signal recognition particle protein  60.69 
 
 
453 aa  530  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000327935  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2888  signal recognition particle protein  57.97 
 
 
518 aa  525  1e-148  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1100  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  58.74 
 
 
512 aa  526  1e-148  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  57.79 
 
 
447 aa  526  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3494  signal recognition particle protein  60.23 
 
 
453 aa  525  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.28336e-32 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2996  signal recognition particle protein  61.19 
 
 
454 aa  525  1e-148  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000641047  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3038  signal recognition particle protein  61.19 
 
 
454 aa  525  1e-148  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000193458  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  61.29 
 
 
453 aa  528  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07290  signal recognition particle protein  59.59 
 
 
444 aa  518  1e-146  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.3957e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2026  signal recognition particle protein  58.53 
 
 
493 aa  519  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000241588  hitchhiker  0.00894206 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3761  signal recognition particle protein  59.81 
 
 
453 aa  519  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000277324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1713  signal recognition particle protein  57.46 
 
 
446 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000859311  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0770  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  60.48 
 
 
446 aa  513  1e-144  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000241723  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1417  signal recognition particle protein  58.28 
 
 
445 aa  509  1e-143  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.0000000188375  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0709  signal recognition particle protein  59.29 
 
 
448 aa  511  1e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000338232  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1498  signal recognition particle protein  59.21 
 
 
448 aa  508  1e-143  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.225316  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  59.1 
 
 
469 aa  509  1e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2141  signal recognition particle protein  55.76 
 
 
508 aa  507  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  58.1 
 
 
446 aa  504  9.999999999999999e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0967  signal recognition particle protein  55.98 
 
 
443 aa  502  1e-141  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000109658  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1196  signal recognition particle protein  55.13 
 
 
449 aa  498  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1351  signal recognition particle protein  54.84 
 
 
479 aa  499  1e-140  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3893  signal recognition particle protein  56.18 
 
 
449 aa  497  1e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3887  signal recognition particle protein  56.18 
 
 
449 aa  497  1e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000347799  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3696  signal recognition particle protein  55.94 
 
 
449 aa  495  1e-139  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000361017  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3586  signal recognition particle protein  56.18 
 
 
449 aa  497  1e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116729  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3604  signal recognition particle protein  56.18 
 
 
449 aa  497  1e-139  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000432061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3859  signal recognition particle protein  56.18 
 
 
449 aa  497  1e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8952e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3983  signal recognition particle protein  55.94 
 
 
449 aa  495  1e-139  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000408298  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3668  signal recognition particle protein  56.41 
 
 
449 aa  495  1e-139  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000016406  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1299  signal recognition particle protein  55.94 
 
 
449 aa  496  1e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000157828  unclonable  2.8199000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2497  signal recognition particle protein  55.94 
 
 
449 aa  495  1e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000243009  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3944  signal recognition particle protein  55.94 
 
 
449 aa  496  1e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000995401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2056  signal recognition particle protein  55.81 
 
 
446 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000690531  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0803  signal recognition particle protein  52.98 
 
 
455 aa  490  1e-137  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000079449  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  55.24 
 
 
447 aa  488  1e-137  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018858  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1321  signal recognition particle protein  52.32 
 
 
455 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465855  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1296  signal recognition particle protein  52.32 
 
 
455 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000399025  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  55.42 
 
 
512 aa  488  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0503  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  58.63 
 
 
462 aa  488  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1227  signal recognition particle protein  54.18 
 
 
433 aa  483  1e-135  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121808  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1228  signal recognition particle protein  54.4 
 
 
433 aa  484  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000301134  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4758  signal recognition particle protein  55.48 
 
 
439 aa  475  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.259533  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0777  signal recognition particle protein  53.13 
 
 
441 aa  474  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2754  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.64 
 
 
443 aa  474  1e-132  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0655  signal recognition particle protein  57.44 
 
 
452 aa  469  1.0000000000000001e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000216081  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1027  signal recognition particle protein  51.58 
 
 
450 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.588339  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2671  signal recognition particle protein  52.56 
 
 
450 aa  465  9.999999999999999e-131  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000192246  unclonable  0.0000000276763 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3035  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.88 
 
 
454 aa  465  9.999999999999999e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.296692  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  52.93 
 
 
457 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1304  signal recognition particle protein  55.26 
 
 
445 aa  462  1e-129  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000911633  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1806  signal recognition particle protein  54.05 
 
 
435 aa  462  1e-129  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000012194  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  53.88 
 
 
457 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1450  signal recognition particle protein  51.25 
 
 
443 aa  458  9.999999999999999e-129  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0998  signal recognition particle protein  54.52 
 
 
459 aa  459  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4622  signal recognition particle protein  51.14 
 
 
449 aa  459  9.999999999999999e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000364274  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1967  signal recognition particle protein  54.87 
 
 
452 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000299479  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1685  signal recognition particle protein  54.87 
 
 
452 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000161061  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0067  signal recognition particle protein  51.52 
 
 
446 aa  456  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  53.12 
 
 
458 aa  458  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1048  signal recognition particle protein  53.15 
 
 
457 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000196553  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2311  signal recognition particle protein  53.65 
 
 
485 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1155  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.34 
 
 
481 aa  457  1e-127  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000491114  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  53.12 
 
 
458 aa  458  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3683  signal recognition particle protein  50.23 
 
 
444 aa  453  1.0000000000000001e-126  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1253  signal recognition particle protein  52.25 
 
 
457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000049947  hitchhiker  0.0000752283 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1014  signal recognition particle protein  52.82 
 
 
449 aa  453  1.0000000000000001e-126  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000130193  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1538  signal recognition particle protein  51.92 
 
 
436 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000016303  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0805  Signal recognition particle protein  51.69 
 
 
451 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.104742  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1158  signal recognition particle protein  52.25 
 
 
457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000642448  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1493  signal recognition particle protein  52.06 
 
 
449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000265163  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1327  signal recognition particle protein  51.13 
 
 
441 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.609194 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1862  signal recognition particle protein  53.49 
 
 
444 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000295764  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1525  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.39 
 
 
449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000514832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  53.57 
 
 
453 aa  450  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0589  signal recognition particle protein  52.25 
 
 
492 aa  448  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  52.03 
 
 
463 aa  448  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1356  signal recognition particle protein  53.2 
 
 
457 aa  449  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1788  signal recognition particle protein  53.22 
 
 
442 aa  450  1e-125  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0241232  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0572  signal recognition particle protein  52.25 
 
 
492 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2261  Signal recognition particle protein  52.76 
 
 
452 aa  449  1e-125  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161738  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0849  signal recognition particle protein  52.81 
 
 
459 aa  451  1e-125  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.265552 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0522  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  53.5 
 
 
450 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.823996  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1667  signal recognition particle protein  52.06 
 
 
444 aa  449  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000671364  hitchhiker  0.00227852 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2839  signal recognition particle protein  53.2 
 
 
457 aa  448  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000124707  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2921  signal recognition particle protein  53.2 
 
 
457 aa  448  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000450795  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2921  signal recognition particle protein  52.7 
 
 
457 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00726192  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0785  Signal recognition particle GTPase  51.27 
 
 
476 aa  448  1e-125  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000113263  unclonable  1.02574e-27 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3018  signal recognition particle protein  53.2 
 
 
457 aa  448  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000039159  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39570  signal recognition particle protein  53.76 
 
 
458 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.224172  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2409  signal recognition particle protein  52.38 
 
 
454 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000225745  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  54.16 
 
 
447 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1202  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54) / transcription elongation factor GreB  53.1 
 
 
495 aa  447  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0352571  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>