More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1717 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1717  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 90 aa  172  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000293556  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2857  histone family protein DNA-binding protein  76.67 
 
 		 90 aa  139  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000465869  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  97.8  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 91 aa  97.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1412  histone-like DNA-binding protein  60.23 
 
 		 91 aa  97.1  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000277772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  96.7  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  60 
 
 		 90 aa  96.7  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  56.67 
 
 		 91 aa  96.7  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  58.89 
 
 		 90 aa  96.7  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  61.11 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 96 aa  95.5  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  57.78 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 		 93 aa  94.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  57.78 
 
 		 94 aa  94.4  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  57.78 
 
 		 94 aa  94.4  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  94  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  94  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 92 aa  93.2  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 94 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2215  histone family protein DNA-binding protein  60.23 
 
 		 95 aa  92  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000076232  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  54.44 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  54.44 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5361  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 101 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322215 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  55.56 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0470  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70600  HU family DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 94 aa  90.9  5e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  57.78 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 91 aa  90.5  7e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 94 aa  90.5  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 		 94 aa  90.5  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000201093 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1533  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.753498  normal  0.353479 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>