263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1712 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  100 
 
 
702 aa  1427    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.9 
 
 
694 aa  593  1e-168  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.17 
 
 
687 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.35 
 
 
687 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.64 
 
 
687 aa  560  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.91 
 
 
688 aa  557  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.06 
 
 
687 aa  551  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.77 
 
 
687 aa  548  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.91 
 
 
686 aa  544  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.32 
 
 
688 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.18 
 
 
698 aa  524  1e-147  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.16 
 
 
705 aa  516  1.0000000000000001e-145  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  39.97 
 
 
695 aa  502  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  39.22 
 
 
691 aa  483  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.82 
 
 
694 aa  478  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  39.62 
 
 
690 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  37.28 
 
 
688 aa  467  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  38.56 
 
 
696 aa  465  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  39.53 
 
 
688 aa  463  1e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2459  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.04 
 
 
697 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.84 
 
 
690 aa  457  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1306  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.87 
 
 
701 aa  456  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12440  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.45 
 
 
686 aa  456  1e-127  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.59 
 
 
688 aa  457  1e-127  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  38.85 
 
 
700 aa  457  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2554  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.5 
 
 
701 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100286  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.34 
 
 
692 aa  451  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.82 
 
 
692 aa  452  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  39.97 
 
 
693 aa  450  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.31 
 
 
688 aa  446  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0993  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.3 
 
 
693 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2650  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  41.5 
 
 
701 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  38.79 
 
 
696 aa  436  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.55 
 
 
689 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.69 
 
 
692 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11030  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  38.69 
 
 
694 aa  431  1e-119  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000604533 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1208  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.38 
 
 
693 aa  432  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0414092  normal  0.146925 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.53 
 
 
685 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  35.45 
 
 
688 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  35.79 
 
 
690 aa  427  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1195  glycine--tRNA ligase, beta subunit  38.02 
 
 
729 aa  427  1e-118  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.09 
 
 
684 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1053  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.19 
 
 
678 aa  425  1e-117  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.97 
 
 
689 aa  424  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.01 
 
 
688 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.14 
 
 
684 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.16 
 
 
689 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 
689 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 
689 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.83 
 
 
689 aa  421  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 
689 aa  420  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.15 
 
 
693 aa  421  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  420  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.18 
 
 
683 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.73 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  36.73 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.93 
 
 
696 aa  419  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  35.25 
 
 
688 aa  418  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.17 
 
 
684 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.18 
 
 
683 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 
689 aa  419  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.32 
 
 
688 aa  418  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.73 
 
 
689 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.92 
 
 
694 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.14 
 
 
690 aa  414  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.19 
 
 
684 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.73 
 
 
684 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.49 
 
 
684 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.86 
 
 
693 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1266  glycine--tRNA ligase  37.93 
 
 
696 aa  412  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.79 
 
 
693 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1319  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.71 
 
 
689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3935  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.38 
 
 
680 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000397713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.54 
 
 
689 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.4 
 
 
689 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.72 
 
 
689 aa  405  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.15 
 
 
689 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.3 
 
 
689 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.3 
 
 
689 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.48 
 
 
697 aa  402  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0741  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.6 
 
 
691 aa  402  1e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.143146  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1115  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.76 
 
 
690 aa  405  1e-111  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.217479  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.87 
 
 
692 aa  404  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.3 
 
 
689 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.34 
 
 
689 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.3 
 
 
689 aa  402  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.36 
 
 
685 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.44 
 
 
688 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0270  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.26 
 
 
679 aa  397  1e-109  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0794  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.08 
 
 
716 aa  398  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934108  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.62 
 
 
697 aa  398  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4481  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.85 
 
 
719 aa  396  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.731924  normal  0.0858499 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.1 
 
 
688 aa  399  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.4 
 
 
689 aa  398  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0540  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.67 
 
 
678 aa  393  1e-108  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.792152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>