More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1514 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
437 aa  896    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.19 
 
 
773 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.04 
 
 
766 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.68 
 
 
883 aa  187  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 
753 aa  186  8e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.3 
 
 
580 aa  179  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
581 aa  177  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  38.33 
 
 
584 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
797 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 
572 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.93 
 
 
583 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.36 
 
 
585 aa  170  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.36 
 
 
585 aa  169  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.93 
 
 
583 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.36 
 
 
585 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.93 
 
 
584 aa  169  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.36 
 
 
585 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
786 aa  169  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
584 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.64 
 
 
590 aa  166  8e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.44 
 
 
475 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  38.84 
 
 
409 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.18 
 
 
590 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 
632 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  35.19 
 
 
584 aa  158  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.48 
 
 
582 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.48 
 
 
601 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.65 
 
 
592 aa  156  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 
306 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.75 
 
 
590 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
596 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
379 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.91 
 
 
605 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
584 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
357 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
590 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.55 
 
 
599 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.47 
 
 
284 aa  144  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.51 
 
 
633 aa  143  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  39.82 
 
 
431 aa  143  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.86 
 
 
611 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  35.29 
 
 
413 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 
594 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 
594 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
606 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.35 
 
 
351 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  34.44 
 
 
340 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.8 
 
 
676 aa  133  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  34.18 
 
 
416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
612 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
615 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
612 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
612 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
613 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
613 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
246 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.65 
 
 
246 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
367 aa  127  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 
425 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  30.86 
 
 
403 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
616 aa  124  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  30.14 
 
 
256 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.88 
 
 
613 aa  123  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  30.14 
 
 
260 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.03 
 
 
734 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  32.61 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  31.91 
 
 
475 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.47 
 
 
447 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.14 
 
 
360 aa  120  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.14 
 
 
362 aa  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  31.38 
 
 
410 aa  121  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  30.67 
 
 
259 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 
371 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 
254 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  30.59 
 
 
260 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.29 
 
 
877 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.73 
 
 
943 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.62 
 
 
409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  31.78 
 
 
352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 
259 aa  117  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  28.69 
 
 
257 aa  117  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 
258 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.97 
 
 
616 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 
252 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.33 
 
 
710 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  31.53 
 
 
258 aa  116  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
402 aa  116  7.999999999999999e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 
429 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.46 
 
 
610 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 
385 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.46 
 
 
633 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  33.04 
 
 
429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3384  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.26 
 
 
829 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 
656 aa  114  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.574957  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
472 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.716519  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.04 
 
 
743 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  30.67 
 
 
291 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 
610 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>