More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0936 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
84 aa  163  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 
81 aa  73.6  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  44.93 
 
 
72 aa  68.2  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  44.93 
 
 
72 aa  68.2  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
79 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.33 
 
 
129 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
90 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 
91 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  43.04 
 
 
131 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 
86 aa  63.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 
79 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 
93 aa  62  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
71 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
85 aa  61.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
71 aa  61.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 
83 aa  58.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 
333 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
72 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
72 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
93 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 
333 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 
215 aa  58.2  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 
81 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  44.07 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
74 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
93 aa  58.2  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 
72 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  39.71 
 
 
87 aa  57.4  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
230 aa  57.4  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2016  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
93 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 
72 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  46.67 
 
 
94 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
76 aa  56.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
78 aa  56.6  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
88 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 
77 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 
83 aa  56.6  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
72 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
74 aa  55.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
75 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
57 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  43.55 
 
 
78 aa  55.5  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
76 aa  55.5  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
84 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  38.89 
 
 
75 aa  54.3  0.0000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 
87 aa  54.7  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 
79 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
72 aa  53.9  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  46.27 
 
 
110 aa  53.9  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
70 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
90 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  38.71 
 
 
70 aa  53.9  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
81 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  39.34 
 
 
75 aa  53.5  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
67 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
233 aa  52.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.07 
 
 
80 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 
85 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
90 aa  53.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
67 aa  53.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
85 aa  53.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 
68 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
233 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  36.67 
 
 
75 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
69 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 
100 aa  52.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1297  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 
182 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.814605  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
69 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
69 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 
91 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
91 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  43.33 
 
 
80 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.89 
 
 
113 aa  51.6  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 
68 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  36.07 
 
 
90 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
74 aa  51.6  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 
106 aa  51.2  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 
83 aa  51.2  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.46 
 
 
154 aa  51.2  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 
96 aa  50.8  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 
80 aa  50.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
96 aa  50.8  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
63 aa  50.8  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  40.62 
 
 
82 aa  50.4  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 
86 aa  50.4  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
72 aa  50.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
72 aa  50.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>