More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0823 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  68.52 
 
 
489 aa  711    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  80.7 
 
 
489 aa  831    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0823  N-6 DNA methylase  100 
 
 
493 aa  1028    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  64.12 
 
 
500 aa  661    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  68.31 
 
 
489 aa  700    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  67.28 
 
 
490 aa  692    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  62.6 
 
 
484 aa  636    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  64.12 
 
 
479 aa  636    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  80.7 
 
 
489 aa  831    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  63.08 
 
 
488 aa  639    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  67.7 
 
 
489 aa  692    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1310  N-6 DNA methylase  64.89 
 
 
489 aa  657    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  62.78 
 
 
501 aa  660    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0502  N-6 DNA methylase  63.17 
 
 
493 aa  648    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.173184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2863  N-6 DNA methylase  63.41 
 
 
500 aa  647    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4881  type I restriction-modification system M subunit  63.37 
 
 
489 aa  659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2616  N-6 DNA methylase  64.96 
 
 
492 aa  666    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0464512 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  67.28 
 
 
489 aa  691    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  63.79 
 
 
493 aa  664    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  62.14 
 
 
481 aa  634  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  61.73 
 
 
481 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  64.88 
 
 
488 aa  630  1e-179  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1016  N-6 DNA methylase  61.91 
 
 
485 aa  620  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1282  N-6 DNA methylase  62.42 
 
 
481 aa  602  1.0000000000000001e-171  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  55.97 
 
 
477 aa  534  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  53.36 
 
 
502 aa  512  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20220  N-6 DNA methylase  52.64 
 
 
484 aa  502  1e-141  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.644983  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2008  Sec-independent protein translocase protein TatC  47.33 
 
 
489 aa  460  9.999999999999999e-129  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0269  N-6 DNA methylase  45.56 
 
 
519 aa  424  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264877  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  42.91 
 
 
710 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  41.72 
 
 
703 aa  371  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  37.22 
 
 
486 aa  303  6.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  36.73 
 
 
492 aa  300  6e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  35.63 
 
 
484 aa  291  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  35.43 
 
 
484 aa  290  4e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.29 
 
 
484 aa  288  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  35.64 
 
 
494 aa  284  3.0000000000000004e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  35.43 
 
 
486 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  34.62 
 
 
484 aa  280  5e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  35.34 
 
 
484 aa  277  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1634  N-6 DNA methylase  33.46 
 
 
495 aa  272  9e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145722  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41600  DNA methylase  60.09 
 
 
212 aa  253  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  32.52 
 
 
490 aa  248  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0734  N-6 DNA methylase  35.05 
 
 
534 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.303269  normal  0.308572 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4142  N-6 DNA methylase  33.47 
 
 
503 aa  244  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  34.6 
 
 
509 aa  239  6.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5277  N-6 DNA methylase  31.7 
 
 
571 aa  224  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  29.81 
 
 
484 aa  200  5e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  27.96 
 
 
506 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  28.32 
 
 
513 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  28.69 
 
 
554 aa  187  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3652  N-6 DNA methylase  29.69 
 
 
489 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.729594 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  27.68 
 
 
489 aa  186  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1169  N-6 DNA methylase  29.95 
 
 
499 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.337809  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2027  N-6 DNA methylase  28.2 
 
 
513 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128967 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  28.54 
 
 
505 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  29.01 
 
 
527 aa  180  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  28.09 
 
 
508 aa  179  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  29.67 
 
 
553 aa  179  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4809  N-6 DNA methylase  26.26 
 
 
544 aa  177  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.136314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4713  N-6 DNA methylase  26.26 
 
 
544 aa  177  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0950517  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  28.74 
 
 
553 aa  176  9e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2746  type I restriction-modification system, M subunit  32.63 
 
 
480 aa  175  1.9999999999999998e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.453882  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1096  N-6 DNA methylase  29.5 
 
 
486 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4241  N-6 DNA methylase  28.8 
 
 
570 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1436  N-6 DNA methylase  26.51 
 
 
517 aa  173  6.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0901  N-6 DNA methylase  30.3 
 
 
478 aa  171  2e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.741705  normal  0.972786 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03611  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.86 
 
 
548 aa  170  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2876  N-6 DNA methylase  25.85 
 
 
544 aa  170  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4188  N-6 DNA methylase  28.99 
 
 
540 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.42 
 
 
530 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2095  N-6 DNA methylase  30.04 
 
 
481 aa  168  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0898  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  28.37 
 
 
504 aa  168  2e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000642099  hitchhiker  0.000000156294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0031  N-6 DNA methylase  28.78 
 
 
539 aa  167  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.775177  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  27.95 
 
 
579 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1031  N-6 DNA methylase  30.11 
 
 
477 aa  166  8e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.11238  normal  0.336468 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0199  N-6 DNA methylase  25.58 
 
 
506 aa  166  1.0000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.471881  decreased coverage  0.000223426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  25.52 
 
 
545 aa  164  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  28.07 
 
 
549 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1059  N-6 DNA methylase  28.45 
 
 
516 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  26.91 
 
 
512 aa  161  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0841  type I restriction-modification system, M subunit  28.51 
 
 
484 aa  160  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3011  N-6 DNA methylase  30.51 
 
 
563 aa  160  5e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.467528  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3396  type I restriction enzyme M protein  26.28 
 
 
481 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  30.21 
 
 
493 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0844  type I restriction enzyme EcoKI M protein  28.74 
 
 
484 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.14895e-23 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04215  DNA methylase M  29.06 
 
 
529 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04181  hypothetical protein  29.06 
 
 
529 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3648  N-6 DNA methylase  28.83 
 
 
529 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4931  type I restriction enzyme EcoKI M protein  28.83 
 
 
529 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3672  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.37 
 
 
533 aa  153  8e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02064  type I restriction enzyme EcoKI M protein  27.04 
 
 
514 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1992  N-6 DNA methylase  28.91 
 
 
479 aa  152  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0409108  normal  0.188366 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2961  N-6 DNA methylase  28.6 
 
 
530 aa  150  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4265  type I restriction-modification system, M subunit  31.41 
 
 
537 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1671  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.7 
 
 
529 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.552607  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  30.72 
 
 
1005 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  28.41 
 
 
495 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  30.43 
 
 
775 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3541  N-6 DNA methylase  26.42 
 
 
524 aa  136  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>