124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0822 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 577 aa  1182    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  41.06 
 
 		 633 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  41.4 
 
 		 589 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  38.77 
 
 		 585 aa  378  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  42.83 
 
 		 563 aa  372  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  42.83 
 
 		 561 aa  372  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  37.52 
 
 		 584 aa  363  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  38.19 
 
 		 561 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  40.23 
 
 		 611 aa  350  3e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  40.03 
 
 		 612 aa  350  4e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  40.03 
 
 		 616 aa  341  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  40.47 
 
 		 571 aa  339  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  60.52 
 
 		 576 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  37.23 
 
 		 547 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 575 aa  273  5.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  35.45 
 
 		 578 aa  263  8e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  32.02 
 
 		 557 aa  250  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  32.95 
 
 		 590 aa  239  8e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  31.38 
 
 		 557 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.65 
 
 		 565 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  34.01 
 
 		 575 aa  217  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  31.52 
 
 		 565 aa  212  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  31.22 
 
 		 564 aa  211  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  32.5 
 
 		 597 aa  197  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.78 
 
 		 572 aa  197  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.62 
 
 		 556 aa  197  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  48.26 
 
 		 423 aa  166  9e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.9 
 
 		 528 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  48.26 
 
 		 383 aa  166  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  50.35 
 
 		 412 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  40.67 
 
 		 427 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  31.42 
 
 		 398 aa  147  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.25 
 
 		 532 aa  147  6e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.54 
 
 		 479 aa  146  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  24.75 
 
 		 495 aa  126  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.89 
 
 		 520 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  31.59 
 
 		 447 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  32.11 
 
 		 236 aa  120  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  38.01 
 
 		 387 aa  110  8.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  23.11 
 
 		 457 aa  109  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.36 
 
 		 492 aa  108  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  29.21 
 
 		 439 aa  102  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.5 
 
 		 401 aa  95.1  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  25.14 
 
 		 323 aa  92  3e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  23.29 
 
 		 587 aa  91.3  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  22.54 
 
 		 477 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  25.54 
 
 		 469 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.96 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  21.61 
 
 		 547 aa  77.8  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.35 
 
 		 495 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  25.33 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  56.67 
 
 		 292 aa  72.8  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  62.5 
 
 		 86 aa  70.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.86 
 
 		 493 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.61 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 595 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  22.06 
 
 		 444 aa  65.9  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.2 
 
 		 464 aa  65.1  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.48 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  25.95 
 
 		 436 aa  63.9  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.69 
 
 		 419 aa  64.3  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  25.12 
 
 		 490 aa  63.9  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  33.61 
 
 		 501 aa  63.5  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  29.09 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  26.04 
 
 		 514 aa  62.8  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.33 
 
 		 406 aa  61.2  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  26.2 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 402 aa  60.5  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.8 
 
 		 456 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 385 aa  59.7  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  26.37 
 
 		 453 aa  59.7  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  28.97 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  28.05 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 483 aa  58.2  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  22.93 
 
 		 460 aa  56.6  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.05 
 
 		 237 aa  56.6  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.74 
 
 		 471 aa  55.8  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  27.56 
 
 		 775 aa  55.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  26.38 
 
 		 418 aa  55.5  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  26.38 
 
 		 418 aa  55.5  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.22 
 
 		 464 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 		 390 aa  53.9  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  25.49 
 
 		 411 aa  53.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  25.24 
 
 		 438 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  21.13 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  59.09 
 
 		 450 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 429 aa  52.4  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  21.74 
 
 		 454 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 402 aa  52  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.13 
 
 		 442 aa  52  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 402 aa  52  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 417 aa  51.6  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  55.26 
 
 		 58 aa  50.8  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  20.2 
 
 		 477 aa  50.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.42 
 
 		 433 aa  50.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  20.73 
 
 		 476 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.97 
 
 		 390 aa  49.3  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  28.57 
 
 		 162 aa  48.5  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.42 
 
 		 511 aa  48.9  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>