More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0560 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
589 aa  1230    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
354 aa  157  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
366 aa  152  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
345 aa  151  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3468  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
332 aa  151  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0135706  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
341 aa  150  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02770  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.3 
 
 
331 aa  144  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 
359 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.116075  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
346 aa  140  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206898  normal  0.924748 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
360 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.506058  normal  0.0549316 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
357 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
357 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355463  normal  0.130791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0664  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
357 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
331 aa  137  7.000000000000001e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
328 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
328 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.366744 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
350 aa  136  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4886  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
328 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352468  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.553166  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0252  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.078071  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2955  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
362 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0997728  normal  0.116407 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
368 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.626315 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5808  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
330 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8346  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like protein  26.8 
 
 
357 aa  131  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.904567 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4146  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.16 
 
 
317 aa  128  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0468277  hitchhiker  0.00205504 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
402 aa  127  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10512  UDP-glucose 4-epimerase galE2  27.07 
 
 
376 aa  126  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
305 aa  126  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
318 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
349 aa  120  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.032419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1557  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.61 
 
 
340 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.623146  normal  0.498538 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0663  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
315 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.610304  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
368 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.75546  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
315 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.366779  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7932  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.74 
 
 
368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0537  hypothetical protein  28.84 
 
 
373 aa  117  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.571422  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0345  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
358 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
355 aa  114  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0477666 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
347 aa  114  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.93 
 
 
349 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3731  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
376 aa  111  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.13404  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11480  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  23.88 
 
 
354 aa  110  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
466 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
466 aa  110  6e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.657654  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
466 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.566087 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16640  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.3 
 
 
343 aa  108  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2723  putative epimerase  24.53 
 
 
335 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.4223  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2322  hypothetical protein  26.28 
 
 
318 aa  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1961  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 
320 aa  107  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
323 aa  107  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
307 aa  105  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.978528  normal  0.0101519 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1672  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
349 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
305 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
338 aa  104  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
358 aa  103  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00302013 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0471  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 
388 aa  103  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.655951 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.06 
 
 
350 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00305624  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4356  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
312 aa  99  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.773197 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0349  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 
344 aa  98.6  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.38 
 
 
347 aa  94.7  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
325 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20130  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.78 
 
 
357 aa  91.3  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00890692 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
332 aa  90.5  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.83 
 
 
315 aa  90.1  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.760399  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17160  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.56 
 
 
349 aa  89  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.764456  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0814  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.5 
 
 
365 aa  87.8  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2063  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.96 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000008917  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
328 aa  84.3  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.91 
 
 
363 aa  84  0.000000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.88 
 
 
372 aa  83.6  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.25 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000378494  hitchhiker  0.0000148939 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
347 aa  79.7  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.28 
 
 
346 aa  79.3  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
314 aa  79.3  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0195709  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.89 
 
 
351 aa  79  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.404447  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
347 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.2 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.336236 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.19 
 
 
347 aa  73.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.98 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  26.04 
 
 
318 aa  70.1  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4123  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.4 
 
 
358 aa  69.7  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.970471  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
315 aa  69.3  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.4 
 
 
358 aa  69.7  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0160562  normal  0.607841 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.4 
 
 
358 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.239778  normal  0.124525 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1075  UDP-glucose 4-epimerase  32.09 
 
 
342 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.320061  normal  0.011198 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3334  UDP-glucose 4-epimerase  32.09 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.618075  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.92 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671749  normal  0.0420203 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  25.56 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2883  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0186538  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
330 aa  66.6  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
309 aa  66.2  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.06 
 
 
330 aa  65.5  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1161  UDP-glucose 4-epimerase  29.95 
 
 
338 aa  65.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0299848  hitchhiker  0.000414813 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.96 
 
 
374 aa  65.5  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.368811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
321 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
315 aa  64.7  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.8 
 
 
333 aa  64.7  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>