More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0466 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
252 aa  523  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  47.13 
 
 
244 aa  240  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 
261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 
244 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 
245 aa  215  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 
244 aa  211  7e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 
244 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 
248 aa  210  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 
248 aa  209  4e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  206  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  206  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  206  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  206  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  205  5e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  205  5e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  45.75 
 
 
250 aa  205  6e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
245 aa  205  7e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 
244 aa  203  3e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  42.74 
 
 
246 aa  202  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  42.74 
 
 
246 aa  202  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 
264 aa  201  8e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.9 
 
 
259 aa  201  8e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 
245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 
260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 
248 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 
250 aa  194  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
261 aa  193  2e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
261 aa  193  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
247 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 
271 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
244 aa  192  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 
247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 
252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 
252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  42.58 
 
 
259 aa  189  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 
252 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
256 aa  189  5e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 
252 aa  189  5e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 
247 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 
247 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 
247 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 
247 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 
270 aa  188  5.999999999999999e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
262 aa  188  8e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 
262 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.56 
 
 
244 aa  186  4e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 
252 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.02 
 
 
272 aa  185  5e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
258 aa  185  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 
252 aa  185  7e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 
293 aa  185  7e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 
293 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.76 
 
 
245 aa  184  8e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 
268 aa  184  9e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 
247 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 
259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 
249 aa  182  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.5 
 
 
245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 
262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 
305 aa  182  6e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 
245 aa  181  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
250 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
247 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 
244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  40.5 
 
 
249 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  41.08 
 
 
245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 
253 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 
264 aa  178  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 
271 aa  177  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 
271 aa  177  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
245 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
248 aa  177  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 
264 aa  177  1e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  40.25 
 
 
245 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 
271 aa  176  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
261 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.7 
 
 
270 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 
261 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 
270 aa  176  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.11 
 
 
270 aa  176  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
248 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  41.39 
 
 
278 aa  175  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.04 
 
 
278 aa  175  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 
252 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  42.25 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 
282 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 
244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 
246 aa  173  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 
245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
270 aa  172  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>