138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0277 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 413 aa  853    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  52.02 
 
 		 457 aa  213  7e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  34.19 
 
 		 429 aa  205  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  31.88 
 
 		 441 aa  189  7e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  32.31 
 
 		 431 aa  188  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  30.43 
 
 		 456 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.82 
 
 		 453 aa  180  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.59 
 
 		 456 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  30.05 
 
 		 430 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  31.51 
 
 		 477 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  31.14 
 
 		 415 aa  169  6e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.89 
 
 		 441 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  30.2 
 
 		 464 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  29.22 
 
 		 444 aa  169  8e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.09 
 
 		 437 aa  169  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  30.09 
 
 		 439 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  30.45 
 
 		 436 aa  163  7e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  30.99 
 
 		 462 aa  162  9e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  26.89 
 
 		 474 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  28.99 
 
 		 419 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  29.77 
 
 		 429 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  30.17 
 
 		 448 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  29.24 
 
 		 453 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  29.82 
 
 		 438 aa  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  28.92 
 
 		 432 aa  150  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 		 448 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  26.74 
 
 		 474 aa  147  5e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  26.76 
 
 		 457 aa  144  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.95 
 
 		 487 aa  143  7e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  26.9 
 
 		 446 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.05 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.18 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  24.88 
 
 		 458 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  27.21 
 
 		 462 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  28.13 
 
 		 461 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 		 463 aa  132  9e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.06 
 
 		 445 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  30.99 
 
 		 458 aa  126  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  24.65 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.98 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 		 447 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  28.76 
 
 		 451 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  26.9 
 
 		 425 aa  117  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.96 
 
 		 462 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  27.25 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  29.7 
 
 		 429 aa  106  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 407 aa  105  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  26.36 
 
 		 363 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  34.84 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  26.21 
 
 		 400 aa  98.2  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.16 
 
 		 473 aa  98.6  2e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.14 
 
 		 417 aa  98.6  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  23.96 
 
 		 416 aa  96.3  9e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 		 395 aa  95.9  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.2 
 
 		 427 aa  92.8  1e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  26.59 
 
 		 267 aa  89  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.36 
 
 		 442 aa  85.9  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.1 
 
 		 422 aa  84.3  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  29.74 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.23 
 
 		 411 aa  82.4  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.69 
 
 		 394 aa  81.6  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.51 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  30.17 
 
 		 433 aa  80.9  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.69 
 
 		 424 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  32.3 
 
 		 371 aa  75.5  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.09 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  35.06 
 
 		 398 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.38 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  32.63 
 
 		 571 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  24.75 
 
 		 438 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  28.11 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.57 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  32.46 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  30.91 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.79 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 402 aa  67  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  27.03 
 
 		 469 aa  66.6  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.18 
 
 		 442 aa  66.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  36.19 
 
 		 368 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.62 
 
 		 205 aa  65.5  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.32 
 
 		 444 aa  65.5  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.23 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  30.25 
 
 		 418 aa  65.5  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  25.4 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 425 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  27.65 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  32.37 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 385 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  34.48 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  23.44 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  24.83 
 
 		 382 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  26.8 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 374 aa  57  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  26.32 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>