174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0100 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  100 
 
 
121 aa  244  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  42.99 
 
 
123 aa  79.3  2e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  45.16 
 
 
116 aa  76.6  1e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.75953e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  37.84 
 
 
113 aa  74.7  4e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  38.84 
 
 
134 aa  72.4  2e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  37.93 
 
 
116 aa  72.8  2e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0925  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 
126 aa  72  3e-12  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  8.41875e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1969  ribonuclease P protein component  35.77 
 
 
130 aa  71.6  4e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  36.75 
 
 
118 aa  71.2  5e-12  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0121  ribonuclease P protein component  45.05 
 
 
119 aa  67.8  5e-11  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.406927  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  39.05 
 
 
115 aa  67.4  6e-11  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  6.762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  34.19 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  35.9 
 
 
120 aa  66.2  2e-10  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 
129 aa  64.7  4e-10  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  2.99838e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  39.25 
 
 
135 aa  64.7  4e-10  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  34.19 
 
 
118 aa  64.7  4e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1042  ribonuclease P protein component  38.32 
 
 
120 aa  63.9  7e-10  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00401916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0890  ribonuclease P protein component  32.29 
 
 
180 aa  63.9  8e-10  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0029715 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  37.96 
 
 
130 aa  63.5  9e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  43.42 
 
 
117 aa  63.5  1e-09  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.71159e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  33.94 
 
 
115 aa  62.8  1e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3155  ribonuclease P protein component  49.21 
 
 
87 aa  62.4  2e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0217012  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  33.33 
 
 
118 aa  62  2e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  33.94 
 
 
121 aa  62.4  2e-09  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  37.39 
 
 
118 aa  62.4  2e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_913  RNase P protein component  37.5 
 
 
126 aa  62.4  2e-09  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  6.01305e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  32.48 
 
 
118 aa  62  3e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  32.48 
 
 
118 aa  62  3e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  32.48 
 
 
118 aa  62  3e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  32.48 
 
 
118 aa  62  3e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  33.94 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  33.94 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  33.94 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.02449e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  33.94 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  5.60819e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  34.19 
 
 
120 aa  62  3e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  33.94 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2396  ribonuclease P protein component  32.08 
 
 
125 aa  61.6  4e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  6.17506e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  33.94 
 
 
115 aa  61.6  4e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  33.94 
 
 
115 aa  61.2  4e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  40 
 
 
116 aa  61.2  4e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  31.62 
 
 
118 aa  61.2  5e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  31.62 
 
 
118 aa  61.2  5e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  31.62 
 
 
118 aa  61.2  5e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  31.62 
 
 
118 aa  61.2  5e-09  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  33.03 
 
 
115 aa  61.2  5e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  33.94 
 
 
115 aa  60.8  6e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  36.36 
 
 
130 aa  60.5  7e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  31.62 
 
 
120 aa  59.7  1e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  35.34 
 
 
133 aa  59.7  1e-08  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  43.06 
 
 
117 aa  59.7  1e-08  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  33.91 
 
 
119 aa  59.7  1e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  33.94 
 
 
120 aa  58.9  2e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  5.12551e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  35.64 
 
 
116 aa  59.3  2e-08  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  2.04064e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  39.53 
 
 
131 aa  59.3  2e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2735  ribonuclease P  34.29 
 
 
117 aa  58.5  3e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.178342  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  39.33 
 
 
116 aa  58.5  3e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  32.11 
 
 
115 aa  58.2  3e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  31.63 
 
 
116 aa  58.5  3e-08  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  4.8083e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2792  ribonuclease P  34.29 
 
 
117 aa  58.5  3e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.437521  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0766  ribonuclease P protein component  28.81 
 
 
123 aa  58.2  3e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  9.48284e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  34.34 
 
 
116 aa  58.2  4e-08  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  2.05817e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  36.52 
 
 
118 aa  58.2  4e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  33.61 
 
 
130 aa  57.8  5e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  39.33 
 
 
116 aa  57.8  5e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0167  ribonuclease P  41.86 
 
 
119 aa  57.8  5e-08  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.00183081  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  34.19 
 
 
133 aa  57.4  6e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  32.04 
 
 
109 aa  57.4  6e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3490  ribonuclease P  40.48 
 
 
121 aa  57.4  7e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000922016  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  32.43 
 
 
123 aa  57.4  7e-08  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  34.48 
 
 
133 aa  57  9e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  29 
 
 
121 aa  57  9e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.31452e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  37.04 
 
 
123 aa  56.2  1e-07  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  41.07 
 
 
120 aa  57  1e-07  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  32.38 
 
 
115 aa  56.6  1e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.00185e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  34.17 
 
 
135 aa  56.6  1e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  34.82 
 
 
118 aa  55.8  2e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0869  ribonuclease P protein component  30.77 
 
 
109 aa  55.5  2e-07  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  36.11 
 
 
123 aa  54.7  4e-07  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  32.77 
 
 
119 aa  54.7  4e-07  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  33.33 
 
 
135 aa  54.7  4e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5267  ribonuclease P  30.65 
 
 
131 aa  54.3  5e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.115584  normal  0.101846 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  42.05 
 
 
114 aa  54.3  6e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  36.71 
 
 
126 aa  53.9  7e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  2.13724e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  42.05 
 
 
114 aa  53.9  7e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  32.77 
 
 
119 aa  53.5  9e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  35.65 
 
 
119 aa  53.5  9e-07  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  33.06 
 
 
134 aa  53.1  1e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2595  ribonuclease P protein component  31.53 
 
 
119 aa  53.1  1e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  36.45 
 
 
119 aa  52.8  2e-06  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  33.33 
 
 
116 aa  52.8  2e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5949  ribonuclease P protein component  30.91 
 
 
132 aa  52.4  2e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  33.06 
 
 
134 aa  51.6  3e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  33.06 
 
 
134 aa  51.6  3e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  33.91 
 
 
119 aa  51.6  4e-06  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  31.48 
 
 
123 aa  51.6  4e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  29.09 
 
 
120 aa  51.2  4e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1919  ribonuclease P protein component  48 
 
 
92 aa  51.2  4e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.100919  normal  0.136226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  29.75 
 
 
127 aa  51.2  5e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3462  ribonuclease P protein component  35.37 
 
 
166 aa  50.8  7e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0165621  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  36.21 
 
 
119 aa  50.4  8e-06  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>