More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0099 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0099  ribosomal protein L34  100 
 
 
44 aa  85.5  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  81.82 
 
 
44 aa  73.9  6e-13  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  72  2e-12  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  72.4  2e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  79.55 
 
 
44 aa  72  2e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  72  3e-12  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.417e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  71.2  4e-12  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 
44 aa  70.1  1e-11  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.83755e-10  hitchhiker  5.52795e-09 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
46 aa  67.4  5e-11  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  1.11229e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  7.27123e-06  unclonable  4.68434e-05 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  77.27 
 
 
44 aa  67.8  5e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.55667e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 
46 aa  67.8  5e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  66.2  1e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  75 
 
 
46 aa  66.2  1e-10  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  66.2  2e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  65.5  2e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  65.5  2e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  65.5  2e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  75 
 
 
55 aa  65.5  2e-10  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  65.5  2e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
49 aa  65.9  2e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  64.7  4e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  64.3  5e-10  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  64.3  5e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0446  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 
51 aa  64.3  5e-10  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  76.74 
 
 
44 aa  64.3  5e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1568  50S ribosomal protein L34  75 
 
 
47 aa  63.9  6e-10  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0660974  normal  0.976418 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  63.9  6e-10  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  3.90368e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  75 
 
 
44 aa  63.9  6e-10  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  6.49644e-07  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  63.9  7e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0313  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
44 aa  63.5  8e-10  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
49 aa  63.2  1e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0656  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
50 aa  63.5  1e-09  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  63.5  1e-09  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  62.4  2e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0709  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
48 aa  62  2e-09  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
45 aa  62.4  2e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
52 aa  62.8  2e-09  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  70.45 
 
 
44 aa  62.4  2e-09  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
53 aa  62.4  2e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  62.8  2e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  62.8  2e-09  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  62  3e-09  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
52 aa  62  3e-09  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  1.48872e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  62  3e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
46 aa  61.6  3e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 
44 aa  61.6  3e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1194  ribosomal protein L34  72.09 
 
 
57 aa  62  3e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  6.42694e-07  decreased coverage  0.000208827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4908  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  61.6  4e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4116  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  61.6  4e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0205607  normal  0.0561719 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2603  ribosomal protein L34  72.09 
 
 
46 aa  60.8  5e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15416  normal  0.859083 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 
53 aa  60.8  6e-09  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  72.73 
 
 
52 aa  60.8  6e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1787  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.5  7e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0214193  normal  0.25456 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2088  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
44 aa  60.5  7e-09  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149936  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  69.77 
 
 
44 aa  60.8  7e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 
53 aa  60.5  8e-09  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  1.89497e-09  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  69.77 
 
 
44 aa  60.5  8e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  8.49089e-06  hitchhiker  1.10171e-09 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4388  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.1  9e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.81173e-05 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2038  ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  60.1  9e-09  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.1  1e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  60.1  1e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4245  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  60.1  1e-08  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  1.09099e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6059  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  59.7  1e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0823674  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  68.18 
 
 
52 aa  59.7  1e-08  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1540  ribosomal protein L34  68.18 
 
 
44 aa  59.7  1e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  4.1199e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
52 aa  59.3  2e-08  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  71.43 
 
 
45 aa  59.3  2e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.97783e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  69.77 
 
 
44 aa  59.3  2e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4370  ribosomal protein L34  63.64 
 
 
44 aa  59.3  2e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.09492  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 
44 aa  59.3  2e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2033  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
51 aa  58.9  2e-08  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.778923  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.9  2e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  67.44 
 
 
44 aa  59.3  2e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.4236e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3545  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3760  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4143  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.281365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.2  3e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4796  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0642  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 
45 aa  58.5  3e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0779335  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0001  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.549372  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3461  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2763  ribosomal protein L34  74.42 
 
 
52 aa  58.5  3e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  2.2911e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5015  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.5  3e-08  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2924  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
53 aa  58.5  3e-08  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  9.16972e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  57.8  4e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.2  4e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2400  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
51 aa  58.2  4e-08  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.84341  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  57.8  4e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2564  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
53 aa  58.2  4e-08  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  58.2  4e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  65.91 
 
 
44 aa  57.8  4e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  67.44 
 
 
44 aa  57.8  5e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2743  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 
53 aa  57.8  5e-08  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  63.64 
 
 
44 aa  57.8  5e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>