More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0094 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0094  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
377 aa  764    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000475987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.32 
 
 
372 aa  196  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.32 
 
 
372 aa  194  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.29 
 
 
373 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 
372 aa  186  6e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 
372 aa  180  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 
372 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 
372 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 
365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 
373 aa  172  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.23 
 
 
375 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.23 
 
 
375 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.97 
 
 
375 aa  169  9e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 
376 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 
369 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.18 
 
 
376 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.06 
 
 
368 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.48 
 
 
367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
373 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  25.39 
 
 
367 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 
372 aa  132  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  24.14 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.12 
 
 
372 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  23.97 
 
 
374 aa  130  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 
366 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 
366 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 
366 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 
366 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 
373 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 
366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  23.26 
 
 
372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 
369 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  25.71 
 
 
366 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.51 
 
 
372 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.31 
 
 
373 aa  127  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 
366 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 
372 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.89 
 
 
373 aa  126  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.89 
 
 
373 aa  126  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.83 
 
 
372 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 
366 aa  125  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  22.96 
 
 
412 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.62 
 
 
366 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  24.04 
 
 
373 aa  123  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  22.82 
 
 
366 aa  123  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.04 
 
 
366 aa  123  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  24.68 
 
 
366 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.96 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  21.9 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.83 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.6 
 
 
370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.41 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.75 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  21.64 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  25.39 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.68 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.11 
 
 
373 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.19 
 
 
367 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  22.96 
 
 
366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  21.37 
 
 
371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.75 
 
 
386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
386 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.45 
 
 
366 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.48 
 
 
370 aa  117  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.61 
 
 
371 aa  116  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  23.1 
 
 
372 aa  116  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.98 
 
 
374 aa  116  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  23.38 
 
 
366 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.22 
 
 
372 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.82 
 
 
366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.76 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 
366 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  22.68 
 
 
371 aa  114  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  20.37 
 
 
372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.73 
 
 
367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
366 aa  113  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.58 
 
 
372 aa  113  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.14 
 
 
381 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  24.6 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 
369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.76 
 
 
370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.25 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  23.4 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.9 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0006  DNA polymerase III, beta subunit  23.76 
 
 
384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.590435  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  21.9 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  23.12 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  24.3 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  22.28 
 
 
372 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  21 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.35 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.68 
 
 
379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>