159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0067 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0067  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
153 aa  309  1e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.821564  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1803  cyclic nucleotide-binding protein  35.04 
 
 
271 aa  80.9  5e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00580763  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1100  cyclic nucleotide-binding protein  31.85 
 
 
176 aa  75.1  3e-13  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.327334  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0952  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
164 aa  64.3  5e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.422759  hitchhiker  0.0019689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.25 
 
 
224 aa  63.2  1e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.93 
 
 
408 aa  59.7  1e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 
512 aa  58.9  2e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
222 aa  59.3  2e-08  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.14 
 
 
222 aa  58.5  4e-08  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  29.03 
 
 
417 aa  57.8  5e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.92 
 
 
424 aa  57.8  5e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.14 
 
 
1075 aa  56.6  1e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  28.75 
 
 
637 aa  57  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  33.68 
 
 
367 aa  55.1  4e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  31.43 
 
 
425 aa  55.1  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 
425 aa  55.1  4e-07  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
225 aa  54.7  4e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_4561  predicted protein  31.86 
 
 
121 aa  54.7  5e-07  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0295097 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 
1056 aa  54.3  6e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  37.21 
 
 
412 aa  53.9  7e-07  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  31.19 
 
 
419 aa  53.5  9e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  33.33 
 
 
409 aa  53.5  1e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  27.27 
 
 
482 aa  52.8  2e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 
275 aa  52.8  2e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  35.24 
 
 
160 aa  51.6  3e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  36.08 
 
 
868 aa  51.6  3e-06  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
169 aa  52  3e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2534  cyclic nucleotide-binding protein  27.01 
 
 
367 aa  51.6  4e-06  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.809153  normal  0.0324751 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  27.93 
 
 
747 aa  51.2  4e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  30.88 
 
 
923 aa  51.2  5e-06  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1640  cyclic nucleotide-binding protein  27.03 
 
 
624 aa  51.2  5e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.346806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
229 aa  50.8  6e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  26.21 
 
 
482 aa  51.2  6e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 
501 aa  50.8  7e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.77 
 
 
219 aa  50.4  8e-06  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2511  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  27.84 
 
 
230 aa  50.4  8e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.108981  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  34.41 
 
 
355 aa  50.4  1e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.67 
 
 
225 aa  49.3  2e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
225 aa  48.9  2e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2230  hypothetical protein  37.23 
 
 
356 aa  48.9  2e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00323716 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  27.73 
 
 
1177 aa  49.7  2e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
225 aa  48.9  2e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  30.28 
 
 
441 aa  48.9  3e-05  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2455  cyclic nucleotide-binding protein  25.74 
 
 
594 aa  48.5  3e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  32.22 
 
 
495 aa  48.5  3e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.85 
 
 
503 aa  48.9  3e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
226 aa  48.5  3e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.09 
 
 
225 aa  48.1  4e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3842  cyclic nucleotide-binding protein  35.16 
 
 
582 aa  48.1  4e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306863  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 
225 aa  48.1  4e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.44 
 
 
231 aa  47.8  5e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0420  cyclic nucleotide-binding protein  33.98 
 
 
255 aa  47.8  6e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.554509  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.04 
 
 
220 aa  47.8  6e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
236 aa  47.8  6e-05  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  32.29 
 
 
308 aa  47.4  7e-05  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3549  cyclic nucleotide-binding protein  28.37 
 
 
582 aa  47.4  8e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.864417 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  25.83 
 
 
449 aa  47  9e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.52 
 
 
168 aa  47  9e-05  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  32.76 
 
 
161 aa  47  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 
506 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.25 
 
 
224 aa  47  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.59 
 
 
215 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1432  cyclic nucleotide-binding protein  33.01 
 
 
431 aa  47  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  28.21 
 
 
149 aa  47  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  29.75 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  29.75 
 
 
148 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.62 
 
 
505 aa  46.2  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  30.43 
 
 
147 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 
811 aa  46.2  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  35.85 
 
 
482 aa  45.8  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 
220 aa  45.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  30.43 
 
 
194 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 
492 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  25.23 
 
 
570 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.57 
 
 
242 aa  45.4  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  30.11 
 
 
286 aa  45.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3460  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.7 
 
 
644 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  27.45 
 
 
147 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  32.17 
 
 
225 aa  45.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.83 
 
 
509 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  30.36 
 
 
407 aa  45.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.44 
 
 
225 aa  44.7  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  23.44 
 
 
493 aa  45.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  30.17 
 
 
215 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12211  predicted protein  27.36 
 
 
528 aa  45.1  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.24 
 
 
480 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  24.14 
 
 
153 aa  45.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25 
 
 
475 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  30.33 
 
 
169 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  27.59 
 
 
215 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  23.45 
 
 
153 aa  44.3  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.74 
 
 
226 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2726  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  26.61 
 
 
322 aa  44.3  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.241979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.03 
 
 
223 aa  44.3  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  27.73 
 
 
225 aa  43.9  0.0008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  29.52 
 
 
238 aa  43.9  0.0008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4598  cyclic nucleotide-binding protein  26.55 
 
 
414 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.57 
 
 
228 aa  43.5  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.45 
 
 
487 aa  43.9  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 
253 aa  43.5  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>