More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0061 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 
217 aa  442  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  41.72 
 
 
232 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  41.72 
 
 
232 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  41.1 
 
 
232 aa  131  1e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  37.37 
 
 
839 aa  128  7e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  39.51 
 
 
235 aa  127  9e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  40.74 
 
 
259 aa  127  2e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  39.26 
 
 
232 aa  126  2e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  39.26 
 
 
232 aa  127  2e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  36.73 
 
 
800 aa  126  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  37.5 
 
 
213 aa  124  8e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  35.12 
 
 
774 aa  124  9e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  40.65 
 
 
804 aa  123  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  38.82 
 
 
213 aa  120  1e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  36.93 
 
 
220 aa  120  1e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  36.69 
 
 
813 aa  117  1e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  36.51 
 
 
251 aa  116  2e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  3.08359e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  37.84 
 
 
208 aa  117  2e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  1.26339e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  36.09 
 
 
811 aa  115  4e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  39.38 
 
 
214 aa  115  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  41.89 
 
 
168 aa  114  1e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  34.52 
 
 
214 aa  114  1e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  35.42 
 
 
224 aa  114  1e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  33.02 
 
 
212 aa  113  2e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  35.71 
 
 
768 aa  113  2e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.11 
 
 
219 aa  112  4e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.94 
 
 
219 aa  112  5e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  34.94 
 
 
217 aa  112  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  38.96 
 
 
804 aa  112  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  35.8 
 
 
218 aa  111  8e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.22 
 
 
219 aa  110  1e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  38.36 
 
 
217 aa  110  1e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  35.12 
 
 
768 aa  110  1e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  37.89 
 
 
216 aa  110  1e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  34.34 
 
 
219 aa  110  2e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  6.29767e-06 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  32.81 
 
 
221 aa  109  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  35 
 
 
209 aa  109  4e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.54 
 
 
211 aa  109  4e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  33.68 
 
 
216 aa  108  5e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  8.18926e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  36.11 
 
 
607 aa  108  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  38.96 
 
 
807 aa  108  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  33.92 
 
 
224 aa  108  7e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  35.42 
 
 
820 aa  108  8e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  1.58862e-05 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  32.16 
 
 
816 aa  106  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  4.03798e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  36.48 
 
 
210 aa  106  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  33.7 
 
 
210 aa  105  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.16164e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  35.76 
 
 
556 aa  105  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4321  cobalamin B12-binding domain protein  29.8 
 
 
214 aa  105  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  36.69 
 
 
210 aa  105  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  33 
 
 
801 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  33.54 
 
 
207 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.41 
 
 
208 aa  104  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  30.39 
 
 
206 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.74708e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  33.54 
 
 
207 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  29.7 
 
 
841 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  37.01 
 
 
804 aa  102  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  31.82 
 
 
212 aa  102  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  34.18 
 
 
210 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.17 
 
 
210 aa  101  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  35.26 
 
 
210 aa  100  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  33.75 
 
 
210 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  35.15 
 
 
210 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  37.06 
 
 
213 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  30.81 
 
 
806 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  32.48 
 
 
801 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  34.91 
 
 
210 aa  99.8  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  35.2 
 
 
804 aa  99.4  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  32.52 
 
 
211 aa  98.6  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.10131e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  29.51 
 
 
780 aa  98.2  7e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  31.36 
 
 
209 aa  98.2  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  30.2 
 
 
220 aa  98.2  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  28.12 
 
 
793 aa  97.8  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.96 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  33.93 
 
 
781 aa  95.9  5e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.8 
 
 
326 aa  95.5  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.3 
 
 
216 aa  94  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  29.82 
 
 
211 aa  93.2  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  32.49 
 
 
819 aa  92.8  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  30.17 
 
 
213 aa  93.2  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  34.97 
 
 
804 aa  92.4  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  30.92 
 
 
818 aa  92.4  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1267  methionine synthase  34.44 
 
 
832 aa  92  6e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0813  methanol corrinoid protein  31.07 
 
 
256 aa  90.9  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  32.88 
 
 
212 aa  89.7  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  28.8 
 
 
218 aa  90.1  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0707  methionine synthase  32.17 
 
 
1136 aa  88.6  7e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  30.87 
 
 
804 aa  88.2  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1063  methanol corrinoid protein  37.88 
 
 
258 aa  88.2  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  32.47 
 
 
802 aa  87  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  33.11 
 
 
791 aa  86.3  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  29.63 
 
 
216 aa  85.9  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.48578e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  25.39 
 
 
216 aa  85.5  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.2726e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  33.33 
 
 
1245 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  31.37 
 
 
803 aa  85.5  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  32.43 
 
 
841 aa  85.1  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3637  methanol corrinoid protein  37.4 
 
 
255 aa  84  1e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  32.16 
 
 
1232 aa  84.3  1e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0740  methanol corrinoid protein  37.82 
 
 
258 aa  84.3  1e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.970556 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3584  methylthiol:coenzyme M methyltransferase  35.58 
 
 
275 aa  84  2e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812541  normal  0.0358178 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0811  methanol corrinoid protein  30.51 
 
 
254 aa  83.6  2e-15  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>