More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0054 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
464 aa  949  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.93 
 
 
533 aa  517  1e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  56 
 
 
507 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  56.24 
 
 
529 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  57.48 
 
 
521 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.09 
 
 
482 aa  468  1e-130  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.02 
 
 
489 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.78 
 
 
483 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.02 
 
 
480 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  55.02 
 
 
480 aa  460  1e-128  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  56.57 
 
 
483 aa  454  1e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.55 
 
 
492 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  57.11 
 
 
397 aa  446  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  55.24 
 
 
424 aa  441  1e-122  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  49.74 
 
 
392 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.57 
 
 
423 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.81 
 
 
452 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  50.67 
 
 
384 aa  371  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  50.67 
 
 
396 aa  372  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.84 
 
 
451 aa  365  1e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.27 
 
 
383 aa  362  8e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  4.81841e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.03 
 
 
452 aa  358  1e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.82 
 
 
438 aa  358  1e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.58 
 
 
443 aa  358  2e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.69 
 
 
475 aa  355  9e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  4.26275e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.07 
 
 
490 aa  355  1e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.07 
 
 
482 aa  355  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  5.17174e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.38 
 
 
438 aa  353  4e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.79043e-13  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.9 
 
 
574 aa  350  2e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  43.9 
 
 
433 aa  345  1e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.11 
 
 
430 aa  342  1e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.7 
 
 
432 aa  337  2e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  44.28 
 
 
574 aa  337  3e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.99 
 
 
441 aa  335  1e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.43 
 
 
544 aa  333  4e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.16 
 
 
544 aa  330  4e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.02 
 
 
439 aa  326  5e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.5 
 
 
497 aa  324  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.02 
 
 
435 aa  324  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.85 
 
 
438 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  42.33 
 
 
434 aa  323  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.85 
 
 
438 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.85 
 
 
438 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.85 
 
 
438 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.08 
 
 
439 aa  322  7e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.28 
 
 
439 aa  322  8e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  44.13 
 
 
510 aa  321  1e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.92 
 
 
440 aa  322  1e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
462 aa  322  1e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.46 
 
 
439 aa  321  2e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.89 
 
 
441 aa  321  2e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.78 
 
 
439 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.24 
 
 
581 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.78 
 
 
439 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.42 
 
 
437 aa  320  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.81 
 
 
545 aa  320  4e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.25 
 
 
432 aa  320  5e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.53 
 
 
515 aa  320  5e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.53 
 
 
515 aa  320  5e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.04 
 
 
535 aa  319  6e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.29 
 
 
453 aa  319  8e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.29 
 
 
453 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.84 
 
 
435 aa  318  9e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.29 
 
 
453 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.29 
 
 
453 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.05 
 
 
549 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.29 
 
 
453 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.78 
 
 
578 aa  318  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.59 
 
 
436 aa  317  3e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.65 
 
 
418 aa  317  3e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.62 
 
 
599 aa  317  4e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  42.03 
 
 
559 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.03 
 
 
454 aa  316  5e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.03 
 
 
454 aa  316  5e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.03 
 
 
454 aa  316  5e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  45.03 
 
 
454 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.03 
 
 
455 aa  316  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  45.03 
 
 
454 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.03 
 
 
454 aa  316  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.03 
 
 
454 aa  316  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.58 
 
 
439 aa  316  7e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.86 
 
 
448 aa  316  7e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.36 
 
 
491 aa  315  9e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40.53 
 
 
439 aa  315  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.81 
 
 
550 aa  315  1e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  39.9 
 
 
438 aa  315  1e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  41.89 
 
 
421 aa  314  2e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.96 
 
 
437 aa  314  2e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1101  DEAD/DEAH box helicase  44.9 
 
 
460 aa  315  2e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.173172  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.74 
 
 
487 aa  314  2e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  40 
 
 
434 aa  314  2e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  44.3 
 
 
482 aa  313  4e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
482 aa  313  4e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  43.63 
 
 
579 aa  313  4e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  44.3 
 
 
482 aa  313  4e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.3 
 
 
482 aa  313  4e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.09 
 
 
571 aa  313  4e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.76 
 
 
454 aa  313  4e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  44.3 
 
 
482 aa  313  4e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.6 
 
 
418 aa  313  4e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>