More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0044 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  100 
 
 
137 aa  278  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  53.02 
 
 
143 aa  157  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  8.57397e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  59.54 
 
 
163 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  51.37 
 
 
150 aa  152  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  63.89 
 
 
173 aa  148  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  52.23 
 
 
156 aa  147  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  52.23 
 
 
156 aa  147  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  54.79 
 
 
161 aa  146  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  61.47 
 
 
160 aa  145  1e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0351  single-stranded DNA-binding protein  64.81 
 
 
169 aa  145  2e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0967385  normal  0.582722 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  52.32 
 
 
154 aa  144  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  62.96 
 
 
167 aa  144  3e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  62.04 
 
 
183 aa  144  4e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  61.32 
 
 
155 aa  144  4e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3720  single-strand binding protein  52.78 
 
 
143 aa  144  4e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  57.39 
 
 
159 aa  144  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  51.67 
 
 
222 aa  143  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4718  single-stranded DNA-binding protein  57.98 
 
 
183 aa  143  7e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.336644 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  54.55 
 
 
236 aa  143  7e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  50.98 
 
 
149 aa  143  7e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  1.43406e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  57.39 
 
 
159 aa  143  7e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  63.21 
 
 
185 aa  143  9e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  54.55 
 
 
234 aa  142  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.1541e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  54.55 
 
 
234 aa  142  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  54.55 
 
 
234 aa  142  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  55.2 
 
 
162 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  55.47 
 
 
130 aa  142  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  52.98 
 
 
151 aa  142  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  54.55 
 
 
236 aa  142  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  55.65 
 
 
165 aa  142  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  54.74 
 
 
130 aa  141  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  43.27 
 
 
175 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  48.37 
 
 
165 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  61.11 
 
 
189 aa  141  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  59.26 
 
 
175 aa  141  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  52.32 
 
 
151 aa  140  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0304  single-stranded DNA-binding protein  62.62 
 
 
185 aa  140  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.895882 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  44.44 
 
 
175 aa  140  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  62.96 
 
 
183 aa  140  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  62.04 
 
 
146 aa  140  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  62.62 
 
 
185 aa  140  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  62.62 
 
 
178 aa  139  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5049  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
172 aa  139  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274707  normal  0.047816 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  47.74 
 
 
158 aa  139  1e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  5.00943e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0518  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
181 aa  139  1e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.183562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0514  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
181 aa  139  1e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0485  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
181 aa  139  1e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0174674 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  51.52 
 
 
172 aa  139  2e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  61.68 
 
 
177 aa  139  2e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  61.68 
 
 
177 aa  139  2e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  61.32 
 
 
157 aa  138  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  52.27 
 
 
152 aa  138  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  47.74 
 
 
158 aa  137  4e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  56.78 
 
 
157 aa  137  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  58.41 
 
 
233 aa  137  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  61.47 
 
 
165 aa  137  7e-32  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  56.78 
 
 
238 aa  137  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  60.55 
 
 
175 aa  137  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.69191e-15  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  51.63 
 
 
148 aa  136  8e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  52.32 
 
 
146 aa  136  9e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  1.56614e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  58.72 
 
 
176 aa  136  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  57.27 
 
 
201 aa  135  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  47.2 
 
 
160 aa  136  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  49.31 
 
 
168 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  3.5276e-07 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  60.55 
 
 
231 aa  136  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  54.26 
 
 
181 aa  135  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  56.91 
 
 
167 aa  135  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  60.55 
 
 
234 aa  135  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  47.4 
 
 
154 aa  135  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  58.72 
 
 
180 aa  135  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  47.97 
 
 
164 aa  135  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  60 
 
 
165 aa  134  3e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  60 
 
 
165 aa  134  3e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  55.46 
 
 
166 aa  134  3e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  47.65 
 
 
149 aa  134  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  58.72 
 
 
181 aa  134  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  58.72 
 
 
236 aa  134  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0261  single-strand binding protein  58.88 
 
 
163 aa  134  5e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0918801  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  49.32 
 
 
164 aa  134  6e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  56.88 
 
 
180 aa  133  7e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
184 aa  133  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
184 aa  133  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
183 aa  133  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1280  single-strand binding protein  50.68 
 
 
164 aa  133  9e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  55.75 
 
 
242 aa  133  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.68362e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  52 
 
 
146 aa  133  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  57.8 
 
 
182 aa  133  1e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  58.72 
 
 
235 aa  132  1e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  53.39 
 
 
178 aa  132  1e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
184 aa  133  1e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  57.8 
 
 
182 aa  133  1e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  57.8 
 
 
182 aa  133  1e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  52.85 
 
 
171 aa  132  1e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  56.67 
 
 
222 aa  132  1e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.99632e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  58.47 
 
 
188 aa  132  1e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
186 aa  132  1e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
187 aa  132  1e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0483  single-strand binding protein  57.41 
 
 
156 aa  132  2e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  46.91 
 
 
182 aa  132  2e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  55.47 
 
 
174 aa  132  2e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>