More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0009 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0009  30S ribosomal protein S18  100 
 
 
83 aa  169  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.99289  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3677  30S ribosomal protein S18  72.22 
 
 
91 aa  108  2e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0799478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2763  30S ribosomal protein S18  69.44 
 
 
92 aa  107  7e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1477  30S ribosomal protein S18  69.44 
 
 
92 aa  107  7e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00897037 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2843  30S ribosomal protein S18  72.46 
 
 
106 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  2.70954e-10  hitchhiker  9.31425e-14 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0666  30S ribosomal protein S18  64.2 
 
 
103 aa  105  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2023  30S ribosomal protein S18  64.47 
 
 
87 aa  103  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.344457  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2029  30S ribosomal protein S18  68.06 
 
 
87 aa  102  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2608  30S ribosomal protein S18  67.61 
 
 
110 aa  102  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113564  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0759  30S ribosomal protein S18  68.12 
 
 
94 aa  101  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  1.68995e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1351  30S ribosomal protein S18  66.67 
 
 
87 aa  100  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1411  30S ribosomal protein S18  66.67 
 
 
87 aa  100  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  5.32082e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1676  30S ribosomal protein S18  66.2 
 
 
89 aa  99.4  1e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  1.41185e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4505  ribosomal protein S18  63.77 
 
 
105 aa  97.8  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.743108  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3187  ribosomal protein S18  69.35 
 
 
81 aa  96.7  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.296544  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1829  30S ribosomal protein S18  59.72 
 
 
87 aa  95.9  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1095  30S ribosomal protein S18  66.15 
 
 
86 aa  95.9  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.443654  normal  0.0284482 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2460  SSU ribosomal protein S18P  56.41 
 
 
106 aa  93.6  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.168294 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2654  30S ribosomal protein S18  59.74 
 
 
80 aa  92.8  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  1.44955e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2976  30S ribosomal protein S18  59.74 
 
 
80 aa  92.8  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  3.57277e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1998  ribosomal protein S18  67.19 
 
 
91 aa  92.8  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.471934  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0124  30S ribosomal protein S18  64.52 
 
 
135 aa  92  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0121  30S ribosomal protein S18  62.9 
 
 
143 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.184225  normal  0.109156 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0135  30S ribosomal protein S18  64.52 
 
 
133 aa  92  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0117  30S ribosomal protein S18  64.52 
 
 
135 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1691  ribosomal protein S18  63.08 
 
 
79 aa  89.4  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3421  ribosomal protein S18  60.29 
 
 
75 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1436  30S ribosomal protein S18  60.29 
 
 
75 aa  89  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00709518  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1361  ribosomal protein S18  62.69 
 
 
84 aa  89  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  3.14469e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23340  ribosomal protein S18  63.08 
 
 
70 aa  88.6  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.6386e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  57.97 
 
 
75 aa  87.4  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2185  30S ribosomal protein S18  62.12 
 
 
94 aa  87.4  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  5.47556e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0572  ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  7e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.504032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0584  30S ribosomal protein S18  54.93 
 
 
74 aa  87  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.501506  hitchhiker  6.40936e-16 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3433  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  87  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00939921  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3258  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.85776e-05  hitchhiker  9.62833e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0689  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00223713  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3641  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000922351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  1.01296e-08 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3928  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3590  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  87  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.307968  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0743  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000702658  hitchhiker  0.000126667 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  87  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  5.06389e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  57.97 
 
 
75 aa  87  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0652  ribosomal protein S18  59.68 
 
 
81 aa  86.7  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.144122  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0759  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  86.3  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  hitchhiker  2.23269e-07 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4934  30S ribosomal protein S18  63.93 
 
 
76 aa  86.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.0625e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4210  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.882361  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3584  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 
75 aa  86.3  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.173791  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0057  30S ribosomal protein S18  55.22 
 
 
97 aa  86.3  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000101407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0796  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000510602  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4446  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3791  ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00509801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3349  30S ribosomal protein S18  55.88 
 
 
75 aa  85.5  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.4458e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0075  30S ribosomal protein S18  55.22 
 
 
96 aa  85.9  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  1.52962e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0517  30S ribosomal protein S18  57.35 
 
 
75 aa  85.5  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.370813  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3811  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0521651 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4672  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.998059 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04031  hypothetical protein  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04069  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0373  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0319671  normal  0.0301658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4671  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00669693  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4789  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0963003  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4661  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.13301  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4753  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0729519  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5717  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.375297  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4811  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0274683  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0656  30S ribosomal protein S18  54.93 
 
 
74 aa  85.9  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4763  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4735  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0776  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  85.9  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  8.92175e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3782  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  84.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1356  ribosomal protein S18  54.79 
 
 
113 aa  85.1  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3637  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  84.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0682  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  84.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2914  SSU ribosomal protein S18P  58.46 
 
 
74 aa  85.1  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.42104e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0448  30S ribosomal protein S18  56.34 
 
 
75 aa  84.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435788 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2392  30S ribosomal protein S18  62.3 
 
 
88 aa  85.1  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  4.79009e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  57.35 
 
 
74 aa  84.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1328  30S ribosomal protein S18  57.14 
 
 
75 aa  84.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.52927  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1363  ribosomal protein S18  56.52 
 
 
75 aa  84.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.143055  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2095  30S ribosomal protein S18  53.33 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  5.37782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4012  30S ribosomal protein S18  59.7 
 
 
77 aa  84.3  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211645  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5599  30S ribosomal protein S18  59.7 
 
 
77 aa  84  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00341857  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5336  30S ribosomal protein S18  59.7 
 
 
77 aa  84  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.78788e-06  hitchhiker  1.90479e-07 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5623  30S ribosomal protein S18  59.7 
 
 
77 aa  84  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00085236  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0130  30S ribosomal protein S18  58.73 
 
 
75 aa  84  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00643171  normal  0.424629 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5660  30S ribosomal protein S18  59.7 
 
 
77 aa  84  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.548e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4353  30S ribosomal protein S18  61.9 
 
 
76 aa  84  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11540  SSU ribosomal protein S18P  53.12 
 
 
87 aa  83.2  1e-15  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0244306  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5153  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 
77 aa  82.8  1e-15  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.35632e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0113  30S ribosomal protein S18  60.87 
 
 
96 aa  83.2  1e-15  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5169  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 
77 aa  82.8  1e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00278275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5325  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 
77 aa  82.8  1e-15  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0312656  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0021  ribosomal protein S18  55.38 
 
 
90 aa  82.8  1e-15  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00224831  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5721  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 
77 aa  82.8  1e-15  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  5.87708e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3306  30S ribosomal protein S18  60 
 
 
77 aa  83.6  1e-15  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0014501  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5582  30S ribosomal protein S18  58.21 
 
 
77 aa  82.8  1e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.46232e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>