135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_913 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_913  RNase P protein component  100 
 
 
126 aa  256  5.0000000000000005e-68  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000601305  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0925  ribonuclease P protein component  90.48 
 
 
126 aa  232  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000841875  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1042  ribonuclease P protein component  88.33 
 
 
120 aa  217  3e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00401916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0766  ribonuclease P protein component  34.75 
 
 
123 aa  74.3  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000948284  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  33.64 
 
 
116 aa  73.6  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3490  ribonuclease P  38.39 
 
 
121 aa  70.1  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000922016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  33.98 
 
 
121 aa  69.3  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3966  ribonuclease P protein component  37.82 
 
 
122 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.142048  normal  0.0834112 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2934  ribonuclease P protein component  36.45 
 
 
115 aa  68.2  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000200185  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1424  ribonuclease P protein component  38.02 
 
 
122 aa  66.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18331  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  31.25 
 
 
126 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000213724  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  37.5 
 
 
121 aa  62.4  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  36.36 
 
 
120 aa  61.6  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000512551  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  33.85 
 
 
129 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  40.86 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  32.14 
 
 
116 aa  57.4  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1943  ribonuclease P  33.33 
 
 
117 aa  57.4  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0018816  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5949  ribonuclease P protein component  35.09 
 
 
132 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4960  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 
111 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123477  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  33.33 
 
 
115 aa  55.5  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  31.82 
 
 
115 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  36.26 
 
 
109 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  43.66 
 
 
110 aa  54.7  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  40.23 
 
 
131 aa  54.3  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  32.41 
 
 
115 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2996  ribonuclease P  31.71 
 
 
125 aa  53.9  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000822394  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2673  ribonuclease P  31.71 
 
 
125 aa  53.9  0.0000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00724132  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  36.25 
 
 
107 aa  53.1  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0604  ribonuclease P protein component  34.44 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00426381  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  31.48 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  31.48 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  31.48 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000202449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  31.48 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000560819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  37.63 
 
 
133 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  31.48 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  31.48 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  37.11 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0129  ribonuclease P  29.63 
 
 
117 aa  52.4  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  44.78 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3328  ribonuclease P protein component  35 
 
 
113 aa  52  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0012018  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  60.38 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  44.78 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  33.05 
 
 
121 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  50.77 
 
 
145 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  39.47 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  37.89 
 
 
135 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  39.47 
 
 
133 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  55.1 
 
 
132 aa  50.4  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  45.21 
 
 
137 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  45.21 
 
 
137 aa  50.1  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4224  ribonuclease P protein component  38.38 
 
 
119 aa  50.1  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  46.55 
 
 
148 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5267  ribonuclease P  40.26 
 
 
131 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.115584  normal  0.101846 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  30.56 
 
 
115 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  31.48 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  43.06 
 
 
137 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  37.63 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  40.96 
 
 
132 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  37.89 
 
 
128 aa  49.3  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  30.97 
 
 
119 aa  49.7  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  30.56 
 
 
115 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  35.23 
 
 
115 aa  48.9  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0896  ribonuclease P  28.57 
 
 
129 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  32 
 
 
116 aa  48.1  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  40 
 
 
130 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2064  ribonuclease P  33.33 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0143582  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1256  ribonuclease P protein component  32.48 
 
 
115 aa  47.8  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.00000000286956  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  40.91 
 
 
116 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  53.06 
 
 
149 aa  47.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  40.91 
 
 
116 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  40.91 
 
 
116 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  37.36 
 
 
130 aa  46.6  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4708  ribonuclease P  36.11 
 
 
159 aa  46.6  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2735  ribonuclease P  28.97 
 
 
117 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.178342  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2792  ribonuclease P  28.97 
 
 
117 aa  46.6  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.437521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
123 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  33.7 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 
128 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  33.7 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  51.06 
 
 
133 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  51.06 
 
 
133 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  33.78 
 
 
227 aa  45.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2762  ribonuclease P protein component  39.51 
 
 
119 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000158886  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  32.97 
 
 
114 aa  45.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  37.93 
 
 
132 aa  45.1  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  45.07 
 
 
122 aa  44.7  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4044  ribonuclease P protein component  41.18 
 
 
152 aa  45.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.534814 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  45.76 
 
 
150 aa  45.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0093  ribonuclease P protein component  32.04 
 
 
109 aa  44.7  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  54.35 
 
 
189 aa  44.7  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  32.97 
 
 
114 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  36.36 
 
 
123 aa  44.3  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1863  RNase P protein component  31.82 
 
 
122 aa  43.9  0.0007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.546361  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  38.67 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3378  ribonuclease P protein component  33.91 
 
 
125 aa  44.3  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  41.54 
 
 
117 aa  43.9  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  33.68 
 
 
134 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  37.5 
 
 
130 aa  43.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  32.97 
 
 
141 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  40 
 
 
117 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>