More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_897 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_897  ribonuclease III  100 
 
 
248 aa  506  1e-143  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000334707  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0908  ribonuclease III  91.94 
 
 
248 aa  471  1e-132  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000640181  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1025  ribonuclease III  92.83 
 
 
237 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00427221  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  46.19 
 
 
246 aa  196  3e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0645  ribonuclease III  43.81 
 
 
235 aa  191  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0482466  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  44.69 
 
 
242 aa  187  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1363  Ribonuclease III  41.67 
 
 
230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000482904  normal  0.16151 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1403  RNase III  41.89 
 
 
232 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000749592  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  41.15 
 
 
245 aa  180  2e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  41.78 
 
 
223 aa  177  2e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  41.77 
 
 
246 aa  174  9e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  41.7 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1183  ribonuclease III  40.54 
 
 
259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192839  normal  0.0311814 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  40 
 
 
235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  41.59 
 
 
240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1974  ribonuclease III  43.24 
 
 
246 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  40.27 
 
 
240 aa  171  1e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0380  ribonuclease III  42.92 
 
 
234 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.492905  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  41.23 
 
 
246 aa  170  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4602  ribonuclease III  44.76 
 
 
237 aa  169  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1690  ribonuclease III  37.61 
 
 
241 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00872848  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1588  ribonuclease III  41.51 
 
 
234 aa  169  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  38.67 
 
 
236 aa  168  6e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  37.17 
 
 
241 aa  168  7e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1502  ribonuclease III  41.7 
 
 
231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00547993  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  38.64 
 
 
231 aa  166  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2317  ribonuclease III:double-stranded RNA binding  39.73 
 
 
246 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.458623  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  44.34 
 
 
234 aa  165  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  43.87 
 
 
233 aa  165  8e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1714  ribonuclease III  38.33 
 
 
240 aa  164  9e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1083  ribonuclease III  39.73 
 
 
246 aa  164  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.599235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2159  ribonuclease III  41.1 
 
 
377 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.201039 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  38.29 
 
 
236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  36 
 
 
246 aa  162  3e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  40.09 
 
 
246 aa  163  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  41.4 
 
 
282 aa  160  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  38.86 
 
 
225 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  39.56 
 
 
228 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  35.4 
 
 
233 aa  159  4e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  39.3 
 
 
225 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2228  ribonuclease III  40.62 
 
 
248 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0723  ribonuclease III  39.55 
 
 
236 aa  157  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  38.21 
 
 
236 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1347  ribonuclease III  43.06 
 
 
241 aa  157  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.461222  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  38.57 
 
 
221 aa  157  1e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  39.56 
 
 
223 aa  156  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1641  ribonuclease III  38.33 
 
 
240 aa  156  3e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1295  ribonuclease III  40.1 
 
 
245 aa  155  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0290325  hitchhiker  3.99354e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3948  ribonuclease III  40.1 
 
 
245 aa  155  6e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.399561  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2501  ribonuclease III  40.58 
 
 
245 aa  155  6e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00121317  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4192  ribonuclease III  40 
 
 
234 aa  155  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2065  ribonuclease III  37.72 
 
 
223 aa  155  8e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3672  ribonuclease III  39.81 
 
 
245 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.405617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0946  Ribonuclease III  36.36 
 
 
238 aa  154  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.652577  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1567  ribonuclease III  41.86 
 
 
249 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0292107  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0799  ribonuclease III  36.8 
 
 
245 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.807465  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  36.16 
 
 
235 aa  153  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8017  ribonuclease III  40.61 
 
 
276 aa  153  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1945  Ribonuclease III  40.2 
 
 
228 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.210553  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0862  ribonuclease III  39.38 
 
 
231 aa  153  2e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  39.21 
 
 
228 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2208  Ribonuclease III  39.52 
 
 
383 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.904351  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0951  ribonuclease III  40.59 
 
 
233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.608841  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1287  ribonuclease III  42.25 
 
 
252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.134604  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  38.71 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2990  ribonuclease III  38.94 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535803  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  37.56 
 
 
223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2296  Ribonuclease III  39.52 
 
 
383 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.302366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3891  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3897  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000342133  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1317  ribonuclease III  36.24 
 
 
243 aa  152  5e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3863  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.2755e-51 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3700  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3590  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  5e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3987  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  5e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.484862  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1650  ribonuclease III  39.52 
 
 
385 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  37.61 
 
 
226 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1292  ribonuclease III  36.24 
 
 
243 aa  152  5e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2661  ribonuclease III  40.99 
 
 
260 aa  152  5e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  37.17 
 
 
226 aa  152  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3608  ribonuclease III  39.61 
 
 
245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1177  ribonuclease III  43.19 
 
 
252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.312769  hitchhiker  0.0000455541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  37.17 
 
 
226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  37.17 
 
 
226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  40.65 
 
 
222 aa  151  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2072  ribonuclease III  39.81 
 
 
262 aa  151  8e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.497475  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3813  Ribonuclease III  41.63 
 
 
262 aa  151  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000119761  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1666  ribonuclease III  39.27 
 
 
241 aa  151  8.999999999999999e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.0114969 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  36.73 
 
 
226 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1060  ribonuclease III  44.09 
 
 
232 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.2378e-17 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  38.05 
 
 
225 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1272  ribonuclease III  37.05 
 
 
229 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.812547  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  37.61 
 
 
243 aa  150  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  35.24 
 
 
224 aa  150  2e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  37.61 
 
 
226 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2024  ribonuclease III  39.01 
 
 
226 aa  150  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1609  ribonuclease III  37.83 
 
 
252 aa  150  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.425776  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3203  ribonuclease III  43.64 
 
 
232 aa  150  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000725651  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  37.17 
 
 
226 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  37.17 
 
 
226 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>