More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_857 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0985  transcription elongation factor NusA  91.85 
 
 		 491 aa  838    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00150789  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_857  transcription elongation factor  100 
 
 		 487 aa  966    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000272174  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0876  transcription elongation factor NusA  91.04 
 
 		 491 aa  848    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0313079  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  56.23 
 
 		 444 aa  392  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  55.65 
 
 		 442 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  55.07 
 
 		 442 aa  387  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3683  NusA antitermination factor  56.2 
 
 		 442 aa  382  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00388019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  51.46 
 
 		 378 aa  377  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  51.6 
 
 		 383 aa  367  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  52.09 
 
 		 365 aa  368  1e-100  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  52.19 
 
 		 362 aa  366  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  53.43 
 
 		 377 aa  367  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  51.02 
 
 		 382 aa  368  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  52.34 
 
 		 493 aa  364  2e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  52.05 
 
 		 373 aa  363  3e-99  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  4e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  363  6e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  50.73 
 
 		 368 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  50.44 
 
 		 368 aa  361  1e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  50.44 
 
 		 366 aa  361  1e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  52.63 
 
 		 384 aa  361  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  50.58 
 
 		 404 aa  355  7.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  49.85 
 
 		 346 aa  353  5e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  52.05 
 
 		 381 aa  352  1e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  53.51 
 
 		 359 aa  350  3e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  51.3 
 
 		 372 aa  347  3e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  50.88 
 
 		 382 aa  342  1e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  51.06 
 
 		 380 aa  340  4e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0833  transcription elongation factor NusA  47.51 
 
 		 407 aa  338  1.9999999999999998e-91  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.792423  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1352  transcription elongation factor NusA  46.92 
 
 		 391 aa  331  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1326  transcription elongation factor NusA  46.92 
 
 		 391 aa  331  2e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2777  NusA antitermination factor  48.68 
 
 		 354 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000726051  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  48.53 
 
 		 360 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1661  transcription elongation factor NusA  46.39 
 
 		 366 aa  319  6e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1943  transcription elongation factor NusA  46.24 
 
 		 366 aa  319  9e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  41.76 
 
 		 433 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  46.51 
 
 		 383 aa  313  5.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  48.4 
 
 		 369 aa  312  7.999999999999999e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  46.22 
 
 		 381 aa  310  5e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  46.22 
 
 		 383 aa  310  5e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  46.22 
 
 		 382 aa  309  6.999999999999999e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  42.2 
 
 		 406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  44.77 
 
 		 385 aa  306  7e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1049  NusA antitermination factor  46.06 
 
 		 357 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000259791  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1410  NusA antitermination factor  47.66 
 
 		 381 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  43.48 
 
 		 449 aa  300  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  45.64 
 
 		 535 aa  299  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  45 
 
 		 536 aa  299  8e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  44.44 
 
 		 537 aa  298  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  44.44 
 
 		 537 aa  298  1e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  46.55 
 
 		 401 aa  298  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3332  NusA antitermination factor  46.44 
 
 		 351 aa  298  1e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.166447  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0811  transcription elongation factor NusA  46.51 
 
 		 423 aa  298  2e-79  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000010954  hitchhiker  0.00234388 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  45.51 
 
 		 385 aa  297  3e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  43.06 
 
 		 537 aa  297  3e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  40 
 
 		 440 aa  296  4e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  40.4 
 
 		 538 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  44.28 
 
 		 531 aa  295  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  43.87 
 
 		 572 aa  293  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  42.34 
 
 		 544 aa  293  5e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  42.67 
 
 		 545 aa  292  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  43.97 
 
 		 533 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  42.34 
 
 		 560 aa  292  1e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  41.82 
 
 		 536 aa  292  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  40.95 
 
 		 506 aa  291  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  43.68 
 
 		 535 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  41.92 
 
 		 534 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  42.45 
 
 		 534 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  44.07 
 
 		 545 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  44.07 
 
 		 545 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  38.26 
 
 		 538 aa  289  6e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1325  transcription elongation factor NusA  44.9 
 
 		 347 aa  289  7e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0147733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  44.38 
 
 		 538 aa  289  8e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  43.18 
 
 		 537 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3219  NusA antitermination factor  44.96 
 
 		 503 aa  289  8e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.517549  normal  0.104407 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0776  transcription elongation factor NusA  45.51 
 
 		 329 aa  289  9e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.387304  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  43.68 
 
 		 552 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  41.67 
 
 		 535 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  41.67 
 
 		 535 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  42.86 
 
 		 537 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  41.11 
 
 		 541 aa  286  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  42.02 
 
 		 532 aa  286  8e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  40 
 
 		 540 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5836  transcription elongation factor NusA  44.13 
 
 		 337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7749  NusA antitermination factor  44.48 
 
 		 324 aa  285  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  41.26 
 
 		 538 aa  283  6.000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1368  transcription elongation factor NusA  43.25 
 
 		 347 aa  283  6.000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.219498  normal  0.327685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  43.9 
 
 		 516 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  41.39 
 
 		 539 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  42.51 
 
 		 475 aa  282  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  40.97 
 
 		 536 aa  281  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4041  transcription elongation factor NusA  44.77 
 
 		 353 aa  280  3e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00507131  normal  0.461903 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  40.27 
 
 		 556 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1517  transcription elongation factor NusA  43.92 
 
 		 348 aa  280  5e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.261597  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>