More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_835 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  76.64 
 
 		 413 aa  666    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 		 416 aa  867    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  80.48 
 
 		 416 aa  706    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  41.39 
 
 		 436 aa  297  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  35.87 
 
 		 454 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  37.59 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  37.81 
 
 		 435 aa  280  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.1 
 
 		 438 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.76 
 
 		 450 aa  275  1.0000000000000001e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  35.83 
 
 		 436 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.77 
 
 		 434 aa  272  6e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.53 
 
 		 434 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.55 
 
 		 435 aa  265  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.95 
 
 		 449 aa  264  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  33.88 
 
 		 451 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  33.88 
 
 		 450 aa  263  3e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.98 
 
 		 430 aa  262  8.999999999999999e-69  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40 
 
 		 450 aa  261  2e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.44 
 
 		 466 aa  260  3e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  34.2 
 
 		 449 aa  260  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  34.65 
 
 		 438 aa  259  6e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  33.18 
 
 		 450 aa  258  1e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  33.18 
 
 		 450 aa  258  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  33.18 
 
 		 450 aa  258  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  34.86 
 
 		 431 aa  258  1e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  33.18 
 
 		 450 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  33.18 
 
 		 450 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  33.18 
 
 		 450 aa  258  2e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  33.18 
 
 		 450 aa  258  2e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  35.15 
 
 		 434 aa  258  2e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  32.71 
 
 		 450 aa  256  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  32.94 
 
 		 450 aa  256  7e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  32.94 
 
 		 450 aa  256  7e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  35.58 
 
 		 437 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.81 
 
 		 439 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  33.87 
 
 		 441 aa  255  1.0000000000000001e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.15 
 
 		 429 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.32 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.61 
 
 		 444 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.1 
 
 		 442 aa  251  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  33.41 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  33.41 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  36.88 
 
 		 446 aa  250  4e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.13 
 
 		 431 aa  249  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.9 
 
 		 429 aa  247  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  35.57 
 
 		 439 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  32.24 
 
 		 448 aa  244  1.9999999999999999e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.19 
 
 		 434 aa  243  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.64 
 
 		 442 aa  243  3e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.18 
 
 		 441 aa  243  5e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.58 
 
 		 417 aa  241  2e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.29 
 
 		 449 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.64 
 
 		 444 aa  240  4e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.2 
 
 		 471 aa  239  5.999999999999999e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  33.41 
 
 		 451 aa  239  6.999999999999999e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.61 
 
 		 429 aa  239  1e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.83 
 
 		 444 aa  237  3e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.67 
 
 		 432 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.18 
 
 		 438 aa  237  3e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.86 
 
 		 456 aa  236  5.0000000000000005e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.78 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.78 
 
 		 434 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  32.72 
 
 		 458 aa  231  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.19 
 
 		 443 aa  230  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.79 
 
 		 449 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.32 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.92 
 
 		 438 aa  227  3e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.86 
 
 		 441 aa  227  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.69 
 
 		 495 aa  226  5.0000000000000005e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  35.64 
 
 		 440 aa  224  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.2 
 
 		 421 aa  219  7.999999999999999e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.73 
 
 		 451 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  33.89 
 
 		 446 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.86 
 
 		 453 aa  216  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.74 
 
 		 425 aa  216  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.77 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.62 
 
 		 449 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.13 
 
 		 444 aa  204  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0689  RNA modification enzyme, MiaB family  34.61 
 
 		 440 aa  202  7e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.73 
 
 		 427 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.08 
 
 		 420 aa  202  7e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  33.33 
 
 		 427 aa  202  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  33.33 
 
 		 427 aa  202  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.06 
 
 		 411 aa  202  9.999999999999999e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1886  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.51 
 
 		 468 aa  200  3.9999999999999996e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000824769  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  33.77 
 
 		 423 aa  199  6e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0252  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.28 
 
 		 423 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136132  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27690  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.5 
 
 		 494 aa  199  9e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.751852 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2198  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.48 
 
 		 446 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.972973  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  31.63 
 
 		 458 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  33.49 
 
 		 452 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  35.38 
 
 		 440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2355  RNA modification protein  30.77 
 
 		 466 aa  196  7e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.42 
 
 		 467 aa  196  8.000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0373  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.91 
 
 		 434 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.215959  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  31.08 
 
 		 470 aa  195  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0982  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.67 
 
 		 443 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.423682  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0360  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.01 
 
 		 422 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.106341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2296  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.33 
 
 		 441 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00249706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.48 
 
 		 423 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>