More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_815 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  99.14 
 
 		 350 aa  689    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  97.14 
 
 		 350 aa  679    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  100 
 
 		 350 aa  694    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  43.93 
 
 		 348 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 349 aa  262  4.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 356 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  42.49 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  43.29 
 
 		 352 aa  255  8e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  42.03 
 
 		 352 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 346 aa  249  4e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  41.33 
 
 		 355 aa  248  9e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  40.66 
 
 		 352 aa  247  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  42.17 
 
 		 355 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 345 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 345 aa  242  9e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  41.31 
 
 		 357 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  40.46 
 
 		 357 aa  235  8e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 373 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.06 
 
 		 357 aa  230  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 357 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 357 aa  229  6e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 357 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  40.23 
 
 		 357 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  39.83 
 
 		 358 aa  217  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 357 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 357 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 358 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  40.22 
 
 		 358 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 358 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 357 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 358 aa  202  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  40 
 
 		 356 aa  199  6e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  36.41 
 
 		 354 aa  196  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 356 aa  196  5.000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 354 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 384 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.23 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  39.76 
 
 		 358 aa  189  9e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 358 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 381 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  37.68 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.92 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 358 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 358 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 357 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 355 aa  179  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 562 aa  177  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  35.8 
 
 		 358 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 358 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 370 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.94 
 
 		 325 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  38.18 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.65 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 328 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 362 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 357 aa  159  7e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  35.69 
 
 		 351 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 345 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  37.18 
 
 		 830 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3830  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 415 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.17 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  31.32 
 
 		 287 aa  153  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.39 
 
 		 328 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 360 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  36.42 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 407 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 		 322 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 		 365 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 443 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  37.35 
 
 		 832 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 389 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 435 aa  147  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  35.73 
 
 		 352 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>