More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_684 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_684  thymidylate kinase  100 
 
 
207 aa  424  1e-118  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0778  thymidylate kinase  94.69 
 
 
207 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0704  thymidylate kinase  89.16 
 
 
208 aa  375  1e-103  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3467  thymidylate kinase  49.02 
 
 
686 aa  188  4e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2783  thymidylate kinase  47.06 
 
 
686 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.855806  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4544  thymidylate kinase  46.57 
 
 
671 aa  179  2e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2940  dTMP kinase  45.28 
 
 
225 aa  178  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.230772 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3024  thymidylate kinase  45.05 
 
 
209 aa  176  2e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  42.16 
 
 
211 aa  174  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0156  thymidylate kinase  43.84 
 
 
206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2318  thymidylate kinase  46.35 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0629646  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9221  dTMP kinase  45.59 
 
 
688 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.625222  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  44.66 
 
 
688 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0053  dTMP kinase  41.79 
 
 
203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.115625  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3720  dTMP kinase  42.34 
 
 
229 aa  169  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484768 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  45.54 
 
 
207 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1946  dTMP kinase  42.18 
 
 
212 aa  169  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30449  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1029  dTMP kinase  46.15 
 
 
217 aa  169  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0717  thymidylate kinase  46.31 
 
 
226 aa  169  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0843  dTMP kinase  45.59 
 
 
232 aa  169  4e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.224695 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3232  dTMP kinase  42.79 
 
 
226 aa  167  9e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24870  thymidylate kinase  44.61 
 
 
213 aa  166  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  46.08 
 
 
210 aa  166  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1165  dTMP kinase  43.94 
 
 
214 aa  165  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1644  dTMP kinase  46.31 
 
 
197 aa  165  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1665  dTMP kinase  42.92 
 
 
219 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0400  dTMP kinase  43.65 
 
 
204 aa  164  8e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  44.39 
 
 
217 aa  164  8e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4023  thymidylate kinase  45.85 
 
 
705 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1717  dTMP kinase  45.32 
 
 
197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0609  thymidylate kinase  47.03 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0198408  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0575  thymidylate kinase  44.55 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000589197 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0925  thymidylate kinase  40.93 
 
 
222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2229  thymidylate kinase  45.26 
 
 
213 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.558567  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  44.16 
 
 
901 aa  162  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4404  dTMP kinase  44.02 
 
 
703 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1460  dTMP kinase  44.44 
 
 
223 aa  161  6e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1310  thymidylate kinase  42.45 
 
 
214 aa  160  9e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3153  dTMP kinase  43.23 
 
 
213 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133636  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0844  thymidylate kinase  44.95 
 
 
707 aa  159  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4954  thymidylate kinase  45.81 
 
 
707 aa  159  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.768884  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  45.54 
 
 
205 aa  159  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0085  thymidylate kinase  43.16 
 
 
211 aa  158  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1691  thymidylate kinase  43.66 
 
 
216 aa  158  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.38478e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20380  dTMP kinase  44.06 
 
 
207 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0498  dTMP kinase  41.47 
 
 
236 aa  157  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  45.81 
 
 
202 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0158  thymidylate kinase  44.33 
 
 
220 aa  155  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  42.23 
 
 
210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  42.86 
 
 
216 aa  155  5.0000000000000005e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0093  thymidylate kinase  42.93 
 
 
215 aa  154  7e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564378  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1862  dTMP kinase  40.29 
 
 
214 aa  154  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0221751  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0036  dTMP kinase  43.35 
 
 
221 aa  154  8e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0398  dTMP kinase  41.95 
 
 
222 aa  154  8e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0661  thymidylate kinase  42.13 
 
 
210 aa  153  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.438198  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2077  thymidylate kinase  39.81 
 
 
218 aa  152  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  42.86 
 
 
207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0386  thymidylate kinase  43.28 
 
 
222 aa  152  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.203543  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0023  dTMP kinase  40.57 
 
 
215 aa  152  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0182529 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09210  thymidylate kinase  43.08 
 
 
295 aa  152  4e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0808366 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1581  thymidylate kinase  43.32 
 
 
225 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1638  thymidylate kinase  43.35 
 
 
219 aa  151  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  43.48 
 
 
208 aa  151  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  44.27 
 
 
210 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0992  thymidylate kinase  40.98 
 
 
211 aa  150  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0992  dTMP kinase  41.2 
 
 
234 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.241763  normal  0.339065 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1092  dTMP kinase  40.8 
 
 
224 aa  150  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.642023  normal  0.243133 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0040  dTMP kinase  45.05 
 
 
210 aa  150  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16190  thymidylate kinase  43.92 
 
 
234 aa  150  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000139363 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1405  thymidylate kinase  41.35 
 
 
215 aa  150  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.201868  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0960  thymidylate kinase  40.98 
 
 
214 aa  149  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.265378  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0027  dTMP kinase  44.17 
 
 
215 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.0709229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  43.55 
 
 
210 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1461  dTMP kinase  44.57 
 
 
203 aa  149  3e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  44.27 
 
 
210 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3227  thymidylate kinase  38.76 
 
 
217 aa  149  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000111751  normal  0.0445017 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1059  thymidylate kinase  44.79 
 
 
225 aa  148  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.34393e-16 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1611  dTMP kinase  42.56 
 
 
217 aa  148  5e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0121  thymidylate kinase  40.38 
 
 
213 aa  148  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.505241  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  41.09 
 
 
218 aa  148  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3204  thymidylate kinase  42.79 
 
 
225 aa  147  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00156948  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  43.55 
 
 
210 aa  147  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4191  dTMP kinase  43.92 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1564  thymidylate kinase  42.16 
 
 
225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.446858  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1717  thymidylate kinase  40.49 
 
 
217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.351649  normal  0.313232 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0312  thymidylate kinase  40.58 
 
 
209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1860  thymidylate kinase / thymidylate synthase  41.24 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.913356  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1987  thymidylate kinase  40.49 
 
 
217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0445  thymidylate kinase  39.02 
 
 
211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6278  dTMP kinase  42.33 
 
 
226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0332677  normal  0.266186 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  40.3 
 
 
208 aa  146  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0489  dTMP kinase  41.26 
 
 
662 aa  145  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.042381  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4562  dTMP kinase  43.92 
 
 
244 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0973906 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  40.78 
 
 
210 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0372  thymidylate kinase  41.97 
 
 
217 aa  145  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000036403 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0970  dTMP kinase  43.55 
 
 
210 aa  144  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0128  dTMP kinase  42.86 
 
 
217 aa  145  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.630862  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1272  dTMP kinase  42.08 
 
 
234 aa  144  7.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.175586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  43.24 
 
 
210 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4707  dTMP kinase  44.62 
 
 
236 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0191437 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>