More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_67 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  100 
 
 		 72 aa  148  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  94.44 
 
 		 72 aa  142  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  84.51 
 
 		 71 aa  122  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  84.51 
 
 		 71 aa  122  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 83 aa  81.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 77 aa  77  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  56.67 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  56.67 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  59.68 
 
 		 67 aa  76.3  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  71.2  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 76 aa  71.2  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 81 aa  70.1  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  50.82 
 
 		 76 aa  68.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 84 aa  68.2  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 70 aa  67.8  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 76 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 78 aa  65.1  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 77 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  39.71 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 75 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  55.77 
 
 		 101 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 76 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  43.48 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  43.48 
 
 		 77 aa  62.4  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  43.48 
 
 		 77 aa  62.4  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  43.94 
 
 		 190 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 98 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 81 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  42.42 
 
 		 70 aa  60.5  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 69 aa  60.5  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 80 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  45.16 
 
 		 75 aa  60.1  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 189 aa  60.1  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 85 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 76 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  51.85 
 
 		 74 aa  59.7  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 79 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.93 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 93 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  39.39 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  42.86 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  42.86 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 57 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 74 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 71 aa  57.8  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 85 aa  57  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 86 aa  57  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  45.76 
 
 		 154 aa  57  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  41.94 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.77 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 81 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>