273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_499 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_499  ATP synthase F0, B subunit  100 
 
 
169 aa  332  2e-90  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000743335  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0560  ATP synthase F0, B subunit  99.41 
 
 
169 aa  330  5e-90  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0558474  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0534  ATP synthase F0, B subunit  96.45 
 
 
169 aa  277  6e-74  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0141265  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2382  ATP synthase F0, B subunit  38.3 
 
 
168 aa  97.8  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0499925 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17840  ATP synthase F0, B subunit  36.91 
 
 
166 aa  94.7  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4068  F0F1 ATP synthase subunit B  34.84 
 
 
164 aa  94.4  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0525312  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0067  ATP synthase F0, B subunit  34.57 
 
 
175 aa  93.2  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0989  F0F1 ATP synthase subunit B  33.33 
 
 
164 aa  90.1  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.644569 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2848  ATP synthase F0, B subunit  31.79 
 
 
162 aa  87.4  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.134419 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3309  F0F1 ATP synthase subunit B  29.87 
 
 
156 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.384998  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2245  F0F1 ATP synthase subunit B  30.57 
 
 
175 aa  80.9  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.26161  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2524  F0F1 ATP synthase subunit B  28.57 
 
 
156 aa  79.7  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00056725  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2489  F0F1 ATP synthase subunit B  31.33 
 
 
175 aa  79  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000305387  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2181  F0F1 ATP synthase subunit B  30.07 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.273543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2143  F0F1 ATP synthase subunit B  30.07 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.631434  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1041  ATP synthase F0, B subunit  26.88 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0637468 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3879  ATP synthase F0, B subunit  29.14 
 
 
156 aa  77.8  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000993244  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2604  ATP synthase F0, B subunit  27.45 
 
 
181 aa  77.4  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.811029  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2500  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
175 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3419  F0F1 ATP synthase subunit B  30.07 
 
 
178 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3288  F0F1 ATP synthase subunit B  27.45 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160099  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1642  ATP synthase F0, B subunit  33.33 
 
 
174 aa  75.9  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5734  F0F1 ATP synthase subunit B  29.41 
 
 
156 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0047382  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6360  F0F1 ATP synthase subunit B  30 
 
 
156 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2141  ATP synthase F0, B subunit  29.88 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0516  F0F1 ATP synthase subunit B  33.12 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.188958  normal  0.601675 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2873  F0F1 ATP synthase subunit B  30.77 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.405678  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5125  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0727464  normal  0.577364 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52200  F0 sector of membrane-bound ATP synthase, subunit B  26.53 
 
 
152 aa  74.3  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3207  ATP synthase F0, B subunit  29.22 
 
 
159 aa  73.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2811  ATP synthase F0, B subunit  29.22 
 
 
159 aa  73.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.182804  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73290  F0F1 ATP synthase subunit B  29.33 
 
 
156 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1269  F0F1 ATP synthase subunit B  31.87 
 
 
163 aa  72.8  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2883  F0F1 ATP synthase subunit B  28.03 
 
 
175 aa  73.2  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126633  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2386  F0F1-type ATP synthase subunit b-like protein  27.39 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5603  ATP synthase F0, B subunit  29.14 
 
 
156 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4169  ATP synthase F0, B subunit  27.5 
 
 
165 aa  72.4  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0813106  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4370  F0F1 ATP synthase subunit B  27.7 
 
 
156 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000255144  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4795  ATP synthase F0, B subunit  26.62 
 
 
164 aa  72  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0163867  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3154  ATP synthase F0, B subunit  33.75 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4611  ATP synthase F0, B subunit  27.33 
 
 
156 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4511  F0F1 ATP synthase subunit B  27.7 
 
 
156 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00356652  normal  0.0257912 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4314  F0F1 ATP synthase subunit B  27.7 
 
 
156 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0812029  hitchhiker  0.0000000000716533 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0661  F0F1-type ATP synthase, subunit b  27.04 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.300947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4369  F0F1 ATP synthase subunit B  27.7 
 
 
156 aa  71.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.011989  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2707  F0F1 ATP synthase subunit B  31.21 
 
 
175 aa  71.2  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3849  F0F1 ATP synthase subunit B  27.92 
 
 
156 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28383  hitchhiker  0.0000250407 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1975  ATP synthase F0, B subunit  25.62 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0171213  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0008  ATP synthase F0, B subunit  29.33 
 
 
157 aa  70.9  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.320711  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0313  ATP synthase F0, B subunit  33.58 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.154955  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2096  F0F1 ATP synthase subunit B  30.13 
 
 
175 aa  70.5  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3756  F0F1 ATP synthase subunit B  28.38 
 
 
156 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289991  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0058  ATP synthase F0, B subunit  26.62 
 
 
156 aa  68.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4751  F0F1 ATP synthase subunit B  27.03 
 
 
156 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0066  F0F1 ATP synthase subunit B  26.11 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.391852  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0079  ATP synthase F0, B subunit  35.06 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0172  ATP synthase F0, B subunit  27.06 
 
 
238 aa  68.2  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.173699  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4490  F0F1 ATP synthase subunit B  26.62 
 
 
156 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  hitchhiker  0.00000569533 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2434  F0F1 ATP synthase subunit B  30 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0912679  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06108  ATP synthase B chain  25.52 
 
 
156 aa  67.4  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4902  F0F1 ATP synthase subunit B  26.62 
 
 
156 aa  67  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000735989  normal  0.257522 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1937  F0F1 ATP synthase subunit B  30.71 
 
 
168 aa  67.4  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.385177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4543  F0F1 ATP synthase subunit B  27.27 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3734  ATP synthase F0, B subunit  25.32 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.23986  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3063  F0F1 ATP synthase subunit B  24.49 
 
 
156 aa  65.9  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  26.35 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1713  F0F1 ATP synthase subunit B  25.49 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0859  F0F1 ATP synthase subunit B  32.39 
 
 
165 aa  64.3  0.0000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0732161  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5299  F0F1 ATP synthase subunit B  26.49 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329705  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3960  F0F1 ATP synthase subunit B  26.62 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.399325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  26.92 
 
 
156 aa  63.9  0.0000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5417  F0F1 ATP synthase subunit B  26.49 
 
 
156 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.496413  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3100  hypothetical protein  27.95 
 
 
413 aa  63.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00340418  normal  0.241509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4049  F0F1 ATP synthase subunit B  25.68 
 
 
156 aa  63.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  26.35 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  25.68 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  25.68 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf043  ATP synthase B chain  27.04 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5435  F0F1 ATP synthase subunit B  25.83 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0022  ATP synthase F0, B subunit  30.87 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0311887  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  26.35 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2591  ATP synthase F0, B subunit  26.67 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165312  normal  0.0791897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3970  F0F1 ATP synthase subunit B  29.41 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00376909  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1277  ATP synthase F0, B subunit  27.74 
 
 
164 aa  63.2  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.279271  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1177  ATP synthase F0, B subunit  27.74 
 
 
164 aa  63.2  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.937871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5204  F0F1 ATP synthase subunit B  25.83 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.228088  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  26.35 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  25.68 
 
 
156 aa  63.2  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0517  F0F1 ATP synthase subunit B  32.1 
 
 
165 aa  62.4  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0641052  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3307  F0F1 ATP synthase subunit B  29.01 
 
 
179 aa  61.6  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000544388  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21440  ATP synthase, F0 subunit b  24.36 
 
 
203 aa  61.2  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4128  F0F1 ATP synthase subunit B  25.66 
 
 
156 aa  61.2  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00062325  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4244  F0F1 ATP synthase subunit B  24.68 
 
 
156 aa  61.2  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00033508  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00426  F0F1 ATP synthase subunit B  25.49 
 
 
156 aa  61.2  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4134  F0F1 ATP synthase subunit B  27.03 
 
 
156 aa  61.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000412529  hitchhiker  0.00502547 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3929  F0F1 ATP synthase subunit B  27.03 
 
 
156 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.016356  hitchhiker  0.00620185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4021  F0F1 ATP synthase subunit B  27.03 
 
 
156 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.165729  normal  0.907421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3648  F0F1 ATP synthase subunit B  26.62 
 
 
156 aa  60.8  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000138088  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4622  ATP synthase F0, B subunit  24.53 
 
 
194 aa  60.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3214  ATP synthase F0, B subunit  29.41 
 
 
164 aa  60.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.169914 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>