More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_408 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  588  1e-167  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  91.61 
 
 		 286 aa  548  1e-155  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  88.46 
 
 		 286 aa  529  1e-149  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  43.12 
 
 		 280 aa  205  8e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 279 aa  195  8.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  40.07 
 
 		 283 aa  194  2e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  40.44 
 
 		 290 aa  193  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.78 
 
 		 280 aa  191  9e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  38.03 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  41.91 
 
 		 278 aa  189  5e-47  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  41.86 
 
 		 284 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  186  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  41.79 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 279 aa  185  7e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 308 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 		 277 aa  183  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 277 aa  182  6e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  182  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 		 280 aa  180  2e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 286 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  38.22 
 
 		 277 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 273 aa  178  7e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.87 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  37.04 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.67 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.67 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.67 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.67 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  36.59 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.67 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.67 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  39.71 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  39.27 
 
 		 269 aa  176  6e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  36.3 
 
 		 288 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  36.67 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 283 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.54 
 
 		 276 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 273 aa  171  1e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.84 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 288 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  39.01 
 
 		 279 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  40.94 
 
 		 271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  37.92 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  37.92 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  37.92 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.93 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  37.92 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  37.92 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 286 aa  165  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 269 aa  162  7e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 		 286 aa  161  9e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 		 271 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.79 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  34.97 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  36.24 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 		 289 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  39.56 
 
 		 283 aa  153  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 286 aa  152  7e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 298 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  37.77 
 
 		 613 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 292 aa  149  7e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 289 aa  148  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>