More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_377 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0435  ribose-phosphate pyrophosphokinase  97.53 
 
 
324 aa  649    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.187137  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0412  ribose-phosphate pyrophosphokinase  97.53 
 
 
324 aa  649    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_377  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
324 aa  660    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0778  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.7 
 
 
332 aa  363  3e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.83 
 
 
325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.532932  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.31 
 
 
317 aa  354  8.999999999999999e-97  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0587  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.28 
 
 
316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000361912  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0061  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.21 
 
 
322 aa  350  1e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0325861  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0044  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.6 
 
 
315 aa  348  6e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0206  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.05 
 
 
315 aa  346  3e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981625  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.55 
 
 
313 aa  346  3e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0179  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.9 
 
 
314 aa  343  2.9999999999999997e-93  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0046  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.34 
 
 
315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4537  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.84 
 
 
327 aa  340  2e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.92 
 
 
316 aa  340  2e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.993888  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0069  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.7 
 
 
318 aa  339  2.9999999999999998e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.829297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5261  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.822435  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0048  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0059  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.72 
 
 
317 aa  339  5e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.94 
 
 
314 aa  336  2.9999999999999997e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0076  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.4 
 
 
322 aa  336  2.9999999999999997e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0068  ribose-phosphate diphosphokinase  50.8 
 
 
317 aa  335  5e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2621  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.2 
 
 
324 aa  335  9e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.065708  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0083  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.21 
 
 
327 aa  334  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0312629 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.52 
 
 
327 aa  333  3e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0126613  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4540  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.26 
 
 
359 aa  333  3e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000021567  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.9 
 
 
316 aa  332  7.000000000000001e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.9 
 
 
316 aa  331  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2677  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.03 
 
 
318 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3427  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.03 
 
 
318 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.38 
 
 
319 aa  322  4e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4690  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.4 
 
 
330 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0839  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.2 
 
 
317 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  normal  0.714962 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0614  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.74 
 
 
314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.37 
 
 
316 aa  320  3e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2113  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.72 
 
 
331 aa  318  9e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0740784  normal  0.462424 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2812  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.63 
 
 
319 aa  317  1e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1994  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.47 
 
 
338 aa  316  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2498  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.12 
 
 
319 aa  316  3e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4372  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.09 
 
 
338 aa  315  6e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.886643  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2595  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.36 
 
 
314 aa  315  6e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00599255  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2126  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.71 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.059797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.04 
 
 
314 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4733  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.06 
 
 
330 aa  311  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0584703 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.41 
 
 
314 aa  311  9e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2848  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.41 
 
 
314 aa  310  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000330674  hitchhiker  0.0000000000848542 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2630  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.91 
 
 
320 aa  310  2e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2817  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.48 
 
 
317 aa  310  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00466763  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.32 
 
 
311 aa  309  4e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  50.32 
 
 
327 aa  308  5e-83  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0820  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.41 
 
 
315 aa  308  5.9999999999999995e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0240183  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.87 
 
 
323 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  50.81 
 
 
312 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  47.47 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.74 
 
 
315 aa  306  3e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244437  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2385  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.74 
 
 
315 aa  306  3e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.90823 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1292  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.53 
 
 
316 aa  306  3e-82  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.48 
 
 
325 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0969  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.04 
 
 
329 aa  305  5.0000000000000004e-82  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0951  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.76 
 
 
324 aa  305  9.000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1558  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.06 
 
 
312 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0769014  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50 
 
 
329 aa  304  1.0000000000000001e-81  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000342806  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.71 
 
 
312 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000644395 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2735  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.6 
 
 
308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0597  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.45 
 
 
330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0895  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
321 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.944384  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0824  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.19 
 
 
321 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.76 
 
 
324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3498  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.7 
 
 
320 aa  303  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000549461 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0161  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.2 
 
 
316 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0899  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.41 
 
 
324 aa  302  6.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0640  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.98 
 
 
318 aa  301  8.000000000000001e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00660234  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.84 
 
 
316 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.84 
 
 
316 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.01 
 
 
331 aa  301  1e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0272078 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3610  Fis family transcriptional regulator  47.76 
 
 
319 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.493844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5433  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.82 
 
 
319 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.6 
 
 
321 aa  299  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0307  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.58 
 
 
309 aa  299  4e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.918252  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.87 
 
 
337 aa  299  4e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.68 
 
 
320 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.35 
 
 
320 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.35 
 
 
320 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.68 
 
 
320 aa  298  9e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.88 
 
 
316 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1451  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.71 
 
 
315 aa  298  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.212954  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1439  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.28 
 
 
325 aa  297  1e-79  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.35 
 
 
318 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1371  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.01 
 
 
331 aa  296  2e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.499997  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0121  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.76 
 
 
321 aa  297  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.917582  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.22 
 
 
310 aa  296  2e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1208  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.73 
 
 
317 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.511397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>