More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_362 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
260 aa  533  1e-150  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  95.38 
 
 
260 aa  489  1e-137  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  89.23 
 
 
257 aa  431  1e-120  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.4 
 
 
251 aa  205  6e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  46.88 
 
 
248 aa  195  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  46.43 
 
 
248 aa  195  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  42.08 
 
 
247 aa  185  6e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  42.79 
 
 
247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  37.98 
 
 
271 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  42.08 
 
 
246 aa  178  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 
284 aa  178  7e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  43.89 
 
 
246 aa  177  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  42.79 
 
 
244 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  40.72 
 
 
246 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.86 
 
 
513 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  43.89 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  41.05 
 
 
501 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  37.5 
 
 
263 aa  172  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 
264 aa  171  9e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 
264 aa  169  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
283 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 
268 aa  164  9e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  43.58 
 
 
285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 
260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 
285 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  39.11 
 
 
273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  33.21 
 
 
269 aa  155  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 
260 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 
245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  36.19 
 
 
245 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  37.27 
 
 
257 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 
281 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 
260 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
246 aa  149  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 
246 aa  150  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  35.47 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  36.07 
 
 
242 aa  146  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 
286 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  33.33 
 
 
242 aa  139  4.999999999999999e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 
244 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  34.35 
 
 
278 aa  137  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 
260 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  36.07 
 
 
246 aa  135  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  33.07 
 
 
250 aa  135  8e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  35.75 
 
 
255 aa  135  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  31.13 
 
 
264 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  31.13 
 
 
264 aa  135  9e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.13 
 
 
264 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  31.13 
 
 
264 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.13 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.42 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.13 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  30.42 
 
 
264 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  36.36 
 
 
254 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  35.91 
 
 
248 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  35.91 
 
 
254 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
264 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  33.94 
 
 
266 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.27 
 
 
265 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  31.47 
 
 
265 aa  131  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  33.33 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.66 
 
 
264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.88 
 
 
244 aa  129  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  35.35 
 
 
244 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  35.35 
 
 
244 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 
243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.01 
 
 
262 aa  129  6e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 
244 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4217  ABC type amino acid transport system periplasmic component protein  32.46 
 
 
265 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 
256 aa  128  8.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  37.1 
 
 
250 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  36.14 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  34.56 
 
 
222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4079  extracellular solute-binding protein family 3  32.89 
 
 
265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711512  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1057  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.898657  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  37.27 
 
 
243 aa  126  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 
272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3102  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  31.66 
 
 
265 aa  125  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  32.24 
 
 
285 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.87 
 
 
245 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.87 
 
 
243 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  32.24 
 
 
266 aa  125  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.87 
 
 
243 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.87 
 
 
245 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.87 
 
 
243 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.82 
 
 
243 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3756  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 
265 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.720347  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.82 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.82 
 
 
243 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  36.82 
 
 
243 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>