More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_318 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_318  ribosome recycling factor  100 
 
 		 185 aa  374  1e-103  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.108452  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  96.22 
 
 		 185 aa  363  1e-100  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0356  ribosome recycling factor  95.38 
 
 		 173 aa  338  2.9999999999999998e-92  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0472189  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 185 aa  215  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 184 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  53.26 
 
 		 186 aa  212  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  54.19 
 
 		 184 aa  209  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  54.49 
 
 		 186 aa  206  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 186 aa  203  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 184 aa  202  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  49.19 
 
 		 187 aa  201  5e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  49.73 
 
 		 185 aa  201  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  51.09 
 
 		 186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  51.65 
 
 		 185 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  51.93 
 
 		 184 aa  198  3.9999999999999996e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 185 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  48.65 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2016  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  196  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3928  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  194  8.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.119713 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  190  9e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  190  9e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  189  2.9999999999999997e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 184 aa  187  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  187  7e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  187  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  186  1e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  51.14 
 
 		 182 aa  186  1e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1430  ribosome recycling factor  52.49 
 
 		 184 aa  186  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121871  normal  0.0745134 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 184 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0574  ribosome recycling factor  47.25 
 
 		 184 aa  183  1.0000000000000001e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.165551  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  46.15 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  45.05 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  45.05 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 182 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  49.43 
 
 		 183 aa  182  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  47.25 
 
 		 184 aa  182  3e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07611  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 173 aa  182  3e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 186 aa  182  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 174 aa  181  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  49.73 
 
 		 185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1781  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  45.6 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  180  8.000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 186 aa  179  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  48.62 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12187  predicted protein  47.7 
 
 		 176 aa  180  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.17047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  45.6 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  42.7 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0629  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 187 aa  178  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.418172 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0065  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 182 aa  178  2.9999999999999997e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.759475  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 192 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  48.07 
 
 		 181 aa  178  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05231  ribosome recycling factor  48.62 
 
 		 182 aa  177  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 187 aa  177  5.999999999999999e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2625  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 184 aa  177  7e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000230935  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3778  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 182 aa  177  7e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.343725 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  44.32 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  177  9e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  47.16 
 
 		 186 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  48.65 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  48.62 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  48.57 
 
 		 187 aa  176  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1649  ribosome recycling factor  48.86 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 182 aa  175  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0804  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  174  4e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144692  hitchhiker  0.0000000000784009 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5908  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.107758  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 186 aa  174  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  48 
 
 		 187 aa  174  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 186 aa  174  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  174  8e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1278  ribosome recycling factor  46.7 
 
 		 185 aa  174  9e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>