118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_260 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_260  hypothetical protein  100 
 
 		 1359 aa  2803    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1124  hypothetical protein  33.67 
 
 		 1326 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2107  hypothetical protein  27.82 
 
 		 1270 aa  404  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1156  hypothetical protein  28.1 
 
 		 1324 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1608  hypothetical protein  23.82 
 
 		 1182 aa  265  4e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3080  hypothetical protein  25.21 
 
 		 1425 aa  262  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1916  hypothetical protein  24.68 
 
 		 1430 aa  259  2e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0561  hypothetical protein  24.39 
 
 		 1162 aa  243  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5027  type II restriction enzyme  23.39 
 
 		 1180 aa  234  9e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.776061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2038  hypothetical protein  26.47 
 
 		 1241 aa  233  2e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.769996  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02940  hypothetical protein  24.23 
 
 		 1140 aa  228  5.0000000000000005e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.45552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1677  hypothetical protein  24.05 
 
 		 1171 aa  223  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0295  type II restriction enzyme  24.27 
 
 		 1167 aa  220  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02930  hypothetical protein  24.32 
 
 		 1131 aa  219  4e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.264298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0601  hypothetical protein  26.52 
 
 		 1497 aa  206  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.548482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1235  hypothetical protein  25.83 
 
 		 1484 aa  201  6e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.616183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2493  type IIS restriction enzyme  25 
 
 		 1183 aa  201  9e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3731  hypothetical protein  23.11 
 
 		 1174 aa  198  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0339  putative restriction enzyme  24.56 
 
 		 1205 aa  191  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00710778  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1273  hypothetical protein  23.96 
 
 		 1125 aa  182  2.9999999999999997e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2208  hypothetical protein  25.37 
 
 		 1218 aa  157  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00220427  normal  0.956264 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4847  putative restriction enzyme  24.78 
 
 		 1219 aa  144  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000521229  normal  0.767237 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0997  hypothetical protein  30.06 
 
 		 706 aa  141  7.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2288  type II restriction enzyme  24.55 
 
 		 1160 aa  136  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1299  Eco57I restriction endonuclease  28.61 
 
 		 1144 aa  134  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0387167  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1895  type IIS restriction enzyme  27.37 
 
 		 612 aa  115  5e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.4814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1819  hypothetical protein  23.6 
 
 		 1154 aa  104  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0470618 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2756  hypothetical protein  22.78 
 
 		 1162 aa  103  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.110579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1709  hypothetical protein  23.33 
 
 		 1154 aa  103  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.18586  normal  0.0585819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1326  hypothetical protein  22.7 
 
 		 1141 aa  102  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.770705  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0994  hypothetical protein  29.07 
 
 		 309 aa  100  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0583  hypothetical protein  24.68 
 
 		 882 aa  89  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2241  hypothetical protein  22.29 
 
 		 731 aa  87  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0974985 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3233  hypothetical protein  22.97 
 
 		 1129 aa  86.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0991  hypothetical protein  28.06 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3191  hypothetical protein  30.35 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1132  hypothetical protein  23.35 
 
 		 1174 aa  80.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00035988 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1501  protein of unknown function DUF450  30.34 
 
 		 974 aa  72  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000140584  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0031  type II restriction-modification enzyme  23.17 
 
 		 1257 aa  68.9  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2207  hypothetical protein  26.55 
 
 		 332 aa  66.6  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000153099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3055  protein of unknown function DUF450  41.18 
 
 		 950 aa  62.4  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3847  hypothetical protein  38 
 
 		 1441 aa  61.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0166021 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2199  hypothetical protein  32.54 
 
 		 846 aa  60.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1081  hypothetical protein  27.23 
 
 		 1107 aa  60.1  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.202194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2592  hypothetical protein  35.42 
 
 		 1339 aa  60.1  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.565404  hitchhiker  0.000489463 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2670  putative type II DNA modification enzyme  36.75 
 
 		 1306 aa  60.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.554607  normal  0.580872 
 
 
-
 
NC_011781  BbuZS7_H19  type I restriction enzyme r protein (hsdr_n)  31.07 
 
 		 1278 aa  58.5  0.0000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.218892  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0394  hypothetical protein  35.34 
 
 		 1581 aa  58.5  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2727  hypothetical protein  39.53 
 
 		 1363 aa  58.5  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0332974  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0354  putative type II DNA modification enzyme  34.91 
 
 		 1319 aa  58.2  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.257085  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3285  putative restriction/modification enzyme  29.03 
 
 		 1432 aa  58.2  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0043  type II restriction-modification enzyme  21.46 
 
 		 1252 aa  57.4  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2540  hypothetical protein  25.64 
 
 		 1612 aa  57.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.316751  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0441  hypothetical protein  26.06 
 
 		 1426 aa  56.6  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.141765 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1310  N-6 DNA methylase  23.16 
 
 		 1041 aa  56.6  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.881884  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4987  hypothetical protein  29.57 
 
 		 1154 aa  56.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0015789  n/a   
 
 
-
 
NC_011783  BbuZS7_E01  putative type I restriction/modofication enzyme  29.13 
 
 		 1277 aa  56.2  0.000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3678  hypothetical protein  35.79 
 
 		 1461 aa  55.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0465  hypothetical protein  38.64 
 
 		 1347 aa  55.8  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0068  type II restriction-modification enzyme  32.41 
 
 		 1244 aa  55.5  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.337945  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1882  hypothetical protein  35.79 
 
 		 1422 aa  55.5  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1421  putative type II DNA modification enzyme  27.61 
 
 		 1355 aa  55.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3219  hypothetical protein  28.12 
 
 		 1298 aa  55.1  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1239  putative type II DNA modification enzyme  29.9 
 
 		 1336 aa  54.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0932763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1707  restriction/modification enzyme  32.58 
 
 		 1343 aa  53.9  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.544038  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2728  hypothetical protein  36.84 
 
 		 1440 aa  53.1  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.935327 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4598  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like  34.19 
 
 		 416 aa  53.5  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2731  putative type II DNA modification enzyme  30 
 
 		 1338 aa  53.1  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0299  hypothetical protein  21.63 
 
 		 1154 aa  53.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4701  hypothetical protein  35.79 
 
 		 795 aa  53.5  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.313867 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1958  hypothetical protein  32.38 
 
 		 1333 aa  52.8  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1534  hypothetical protein  21.24 
 
 		 1120 aa  53.1  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1545  putative type II DNA modification enzyme  32.71 
 
 		 1318 aa  52.4  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2538  hypothetical protein  32.63 
 
 		 1243 aa  52.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00255392 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7058  hypothetical protein  33.7 
 
 		 1188 aa  52.4  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.48722  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1179  hypothetical protein  35.35 
 
 		 1452 aa  52.4  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1457  type IIS restriction/modification enzyme  33.03 
 
 		 1256 aa  52  0.00008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0724  putative type II DNA modification enzyme  33.94 
 
 		 1321 aa  51.6  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3225  hypothetical protein  35.29 
 
 		 869 aa  51.6  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3668  hypothetical protein  31.58 
 
 		 1088 aa  51.2  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2163  hypothetical protein  28.18 
 
 		 1104 aa  50.8  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4156  hypothetical protein  39.53 
 
 		 1151 aa  50.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1892  protein of unknown function DUF450  34.74 
 
 		 1058 aa  50.8  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0465  hypothetical protein  36.96 
 
 		 882 aa  50.4  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00310006  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0460  hypothetical protein  34.88 
 
 		 1373 aa  50.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.655713  hitchhiker  0.000401814 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1423  hypothetical protein  20.87 
 
 		 1177 aa  50.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2740  hypothetical protein  25.72 
 
 		 1018 aa  49.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3238  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1184 aa  49.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0308131  normal  0.512831 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2985  hypothetical protein  33.71 
 
 		 1173 aa  49.3  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0952598  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1469  type I restriction-modification system, M subunit, putative  32.18 
 
 		 1002 aa  48.5  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3351  hypothetical protein  32.95 
 
 		 1338 aa  48.5  0.0009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.465815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2902  N6 adenine-specific DNA methyltransferase protein, N12 class  29.9 
 
 		 621 aa  48.5  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00367965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2017  putative type II DNA modification enzyme  27.97 
 
 		 1354 aa  48.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610928 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  27.93 
 
 		 1712 aa  48.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4784  hypothetical protein  36.78 
 
 		 1365 aa  47.8  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0358899 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1545  hypothetical protein  31.36 
 
 		 1195 aa  48.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0985179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2953  putative DNA methylase  35.96 
 
 		 1239 aa  47.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.468848  normal  0.142335 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4327  hypothetical protein  35.19 
 
 		 1170 aa  47.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0812  hypothetical protein  34.83 
 
 		 1339 aa  47.8  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1315  hypothetical protein  31.68 
 
 		 1751 aa  47.8  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>