More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_256 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_2313  UvrD/REP helicase  49.28 
 
 		 984 aa  941    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.976943 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0207  UvrD/REP helicase  50.97 
 
 		 970 aa  978    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.00182272  decreased coverage  0.0000000525372 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_256  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 972 aa  2015    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000753871  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1666  UvrD/REP helicase  30.21 
 
 		 921 aa  385  1e-105  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.921097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  27.62 
 
 		 920 aa  320  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0930  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 		 932 aa  277  6e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0490168  normal  0.240502 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1482  UvrD/REP helicase  27.11 
 
 		 911 aa  266  2e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0495505  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 		 1019 aa  184  8.000000000000001e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.68 
 
 		 731 aa  183  2e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.7 
 
 		 732 aa  181  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.9 
 
 		 729 aa  179  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.31 
 
 		 755 aa  178  5e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.57 
 
 		 747 aa  177  8e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.46 
 
 		 753 aa  174  9e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.12 
 
 		 741 aa  173  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.18 
 
 		 730 aa  172  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  27.23 
 
 		 735 aa  172  3e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.32 
 
 		 753 aa  172  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.18 
 
 		 730 aa  172  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.25 
 
 		 785 aa  171  6e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.92 
 
 		 751 aa  171  6e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.02 
 
 		 747 aa  171  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.02 
 
 		 751 aa  171  8e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  28.17 
 
 		 751 aa  170  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.17 
 
 		 751 aa  170  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  28.17 
 
 		 753 aa  170  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  28.85 
 
 		 742 aa  170  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.17 
 
 		 751 aa  170  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.32 
 
 		 747 aa  170  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6683  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 966 aa  169  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0759039  normal  0.87543 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.89 
 
 		 735 aa  168  5e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.26 
 
 		 751 aa  167  5.9999999999999996e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  28.18 
 
 		 678 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1357  UvrD/REP helicase  31.01 
 
 		 526 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.981315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 730 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  27.96 
 
 		 678 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 		 678 aa  164  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  27.88 
 
 		 678 aa  164  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.62 
 
 		 758 aa  163  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  27.12 
 
 		 773 aa  162  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  25.89 
 
 		 714 aa  163  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  29.71 
 
 		 715 aa  162  3e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  27.07 
 
 		 742 aa  162  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.88 
 
 		 671 aa  162  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.82 
 
 		 829 aa  161  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.35 
 
 		 729 aa  161  6e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.77 
 
 		 694 aa  161  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.28 
 
 		 858 aa  161  7e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  28.67 
 
 		 688 aa  160  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  28.44 
 
 		 678 aa  160  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  27.26 
 
 		 768 aa  160  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  28.16 
 
 		 741 aa  160  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  26.9 
 
 		 757 aa  160  1e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.98 
 
 		 711 aa  160  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 		 789 aa  159  2e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 825 aa  159  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  26.62 
 
 		 735 aa  159  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  26.35 
 
 		 779 aa  159  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3877  UvrD/REP helicase  26.91 
 
 		 696 aa  158  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  27.88 
 
 		 630 aa  158  4e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.25 
 
 		 690 aa  158  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.9 
 
 		 833 aa  158  4e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.2 
 
 		 715 aa  158  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.86 
 
 		 719 aa  157  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  27.42 
 
 		 749 aa  157  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  26 
 
 		 739 aa  157  8e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.62 
 
 		 737 aa  156  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0060  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.18 
 
 		 696 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 826 aa  156  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  26.99 
 
 		 765 aa  155  2.9999999999999998e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 625 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  26.97 
 
 		 696 aa  155  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  27.05 
 
 		 668 aa  155  2.9999999999999998e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.59 
 
 		 759 aa  155  4e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  26.24 
 
 		 778 aa  155  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  28.81 
 
 		 744 aa  155  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  26.99 
 
 		 721 aa  155  5e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.75 
 
 		 772 aa  154  5e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  26.48 
 
 		 769 aa  154  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  28.2 
 
 		 789 aa  154  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  33.6 
 
 		 707 aa  153  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 755 aa  154  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  28.31 
 
 		 659 aa  153  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  27.99 
 
 		 725 aa  153  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  27.87 
 
 		 790 aa  153  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 		 671 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  27.47 
 
 		 706 aa  152  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3000  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 731 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.120838 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.16 
 
 		 756 aa  153  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 		 680 aa  152  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.66 
 
 		 766 aa  152  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  26.54 
 
 		 721 aa  152  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  28.14 
 
 		 726 aa  152  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  26.05 
 
 		 671 aa  152  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  27.16 
 
 		 858 aa  152  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  28.13 
 
 		 720 aa  152  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  27.66 
 
 		 672 aa  152  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.76 
 
 		 857 aa  151  7e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.18 
 
 		 741 aa  151  7e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  25.07 
 
 		 689 aa  151  7e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>