More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1450 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  100 
 
 		 499 aa  966    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  97.39 
 
 		 460 aa  870    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  90.67 
 
 		 493 aa  823    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  45.91 
 
 		 494 aa  385  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  42.92 
 
 		 489 aa  339  8e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  32.72 
 
 		 486 aa  225  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  32.39 
 
 		 486 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  31.17 
 
 		 483 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  31.76 
 
 		 486 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  30.86 
 
 		 484 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  31.28 
 
 		 488 aa  212  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  36.46 
 
 		 526 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  36.21 
 
 		 521 aa  211  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.11 
 
 		 495 aa  209  9e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  35.93 
 
 		 526 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  35.93 
 
 		 526 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  32.62 
 
 		 499 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  30.7 
 
 		 487 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  35.65 
 
 		 526 aa  206  8e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  35.65 
 
 		 526 aa  206  8e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  35.65 
 
 		 526 aa  206  8e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  30.12 
 
 		 484 aa  206  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  34.27 
 
 		 484 aa  204  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  34.27 
 
 		 484 aa  204  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  29.91 
 
 		 463 aa  203  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  32.67 
 
 		 483 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  35.42 
 
 		 517 aa  199  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  29.47 
 
 		 486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  36.66 
 
 		 553 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  29.83 
 
 		 486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  29.83 
 
 		 486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  29.83 
 
 		 486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  32.67 
 
 		 483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  34.73 
 
 		 506 aa  196  8.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  36.07 
 
 		 538 aa  195  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  29.14 
 
 		 481 aa  192  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  29.08 
 
 		 512 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  31.48 
 
 		 495 aa  190  5.999999999999999e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  34.93 
 
 		 483 aa  186  9e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  34.93 
 
 		 483 aa  186  9e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 493 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  34.07 
 
 		 477 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  31.04 
 
 		 482 aa  181  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  30.62 
 
 		 484 aa  180  5.999999999999999e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  28.51 
 
 		 493 aa  178  2e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.76 
 
 		 492 aa  178  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.26 
 
 		 489 aa  177  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  28.47 
 
 		 491 aa  177  5e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  29.59 
 
 		 480 aa  175  9.999999999999999e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  28.23 
 
 		 491 aa  173  5.999999999999999e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  29.63 
 
 		 470 aa  169  8e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.44 
 
 		 489 aa  169  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  31.83 
 
 		 476 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  31.83 
 
 		 476 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  31.83 
 
 		 476 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  27.62 
 
 		 491 aa  163  9e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.07 
 
 		 537 aa  160  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  29.95 
 
 		 477 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  28.84 
 
 		 533 aa  158  2e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  31.13 
 
 		 428 aa  156  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.89 
 
 		 478 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  28.41 
 
 		 531 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.84 
 
 		 477 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.24 
 
 		 478 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.84 
 
 		 477 aa  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  27.54 
 
 		 480 aa  141  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  31.58 
 
 		 512 aa  141  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  32.11 
 
 		 479 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 477 aa  140  7e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.97 
 
 		 477 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  29.77 
 
 		 478 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3284  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.45 
 
 		 492 aa  136  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.141551  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  28.64 
 
 		 488 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  29 
 
 		 501 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  29.98 
 
 		 497 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.27 
 
 		 688 aa  131  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  26.75 
 
 		 500 aa  130  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0179  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.09 
 
 		 491 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.490475  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  29.6 
 
 		 609 aa  126  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1289  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.47 
 
 		 959 aa  126  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.1 
 
 		 661 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0121  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.55 
 
 		 491 aa  125  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  33.69 
 
 		 1265 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_002978  WD1107  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.38 
 
 		 488 aa  124  5e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.980044  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  28.1 
 
 		 1265 aa  123  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3666  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.11 
 
 		 492 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.752681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  29.47 
 
 		 480 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0714  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  29.89 
 
 		 496 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0167768  decreased coverage  0.000183119 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.21 
 
 		 480 aa  121  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621261  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1100  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.94 
 
 		 953 aa  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0546017  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.72 
 
 		 448 aa  121  3.9999999999999996e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3953  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.51 
 
 		 492 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  29.06 
 
 		 617 aa  120  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5269  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.81 
 
 		 967 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  26.67 
 
 		 969 aa  120  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  28.11 
 
 		 672 aa  120  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.11 
 
 		 440 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  26 
 
 		 486 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  28.11 
 
 		 672 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  27.15 
 
 		 997 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.448623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>