More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1423 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  100 
 
 		 715 aa  1473    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  33.7 
 
 		 590 aa  299  1e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  33.85 
 
 		 716 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  32.24 
 
 		 705 aa  190  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  31.68 
 
 		 565 aa  179  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 		 531 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  29.09 
 
 		 634 aa  150  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 		 632 aa  147  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 		 635 aa  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  29.41 
 
 		 638 aa  146  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  29.61 
 
 		 707 aa  146  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 		 643 aa  145  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  27.26 
 
 		 732 aa  142  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 		 636 aa  141  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  24.91 
 
 		 737 aa  138  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  29.02 
 
 		 732 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  28.29 
 
 		 726 aa  134  5e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 		 647 aa  134  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 658 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 		 738 aa  128  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  23.46 
 
 		 646 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  27.42 
 
 		 658 aa  127  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2019  Radical SAM domain protein  24.5 
 
 		 525 aa  124  5e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0788272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  23.5 
 
 		 644 aa  124  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  24.27 
 
 		 642 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  24.04 
 
 		 502 aa  120  9e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 500 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  28.88 
 
 		 598 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.07 
 
 		 533 aa  115  4.0000000000000004e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  26.84 
 
 		 488 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  25.85 
 
 		 503 aa  111  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  27.41 
 
 		 429 aa  107  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 484 aa  106  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.37 
 
 		 518 aa  105  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 		 459 aa  100  9e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  28.08 
 
 		 486 aa  100  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  30.33 
 
 		 484 aa  95.9  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.42 
 
 		 529 aa  95.5  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.8 
 
 		 494 aa  95.1  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.8 
 
 		 494 aa  94.7  5e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.43 
 
 		 520 aa  94.7  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 494 aa  93.6  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 		 681 aa  92.4  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 572 aa  91.3  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 494 aa  91.3  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  24.05 
 
 		 502 aa  90.9  7e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 		 468 aa  90.5  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  30.07 
 
 		 577 aa  89.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 		 573 aa  89  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.92 
 
 		 485 aa  89  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  23.61 
 
 		 520 aa  89  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  24.46 
 
 		 524 aa  88.6  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.19 
 
 		 501 aa  88.2  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 		 489 aa  87.4  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  27.22 
 
 		 462 aa  87.4  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  28.81 
 
 		 474 aa  85.9  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0968  Radical SAM domain protein  25.83 
 
 		 630 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 		 521 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  23.97 
 
 		 471 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  28.78 
 
 		 553 aa  84.7  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  23.18 
 
 		 461 aa  84.3  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.78 
 
 		 441 aa  83.2  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  25.41 
 
 		 501 aa  82.4  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  28.57 
 
 		 425 aa  82  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.78 
 
 		 441 aa  82  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1133  radical SAM family protein  27.72 
 
 		 656 aa  82  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0262562 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.14 
 
 		 507 aa  82  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.1 
 
 		 554 aa  81.6  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.95 
 
 		 472 aa  81.6  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  25.17 
 
 		 476 aa  81.3  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.62 
 
 		 864 aa  80.9  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.86 
 
 		 548 aa  79.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.75 
 
 		 567 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.78 
 
 		 473 aa  79  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 		 583 aa  79  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 		 501 aa  79  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 		 474 aa  78.6  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.03 
 
 		 473 aa  78.6  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  25.19 
 
 		 1288 aa  78.6  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.92 
 
 		 534 aa  78.2  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.93 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 		 487 aa  78.2  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  23.15 
 
 		 501 aa  77.4  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.78 
 
 		 475 aa  77.4  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 		 476 aa  77.4  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  26.37 
 
 		 618 aa  77.4  0.0000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  24.61 
 
 		 469 aa  77.4  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  23.1 
 
 		 468 aa  76.6  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  25.97 
 
 		 472 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  26.78 
 
 		 475 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 471 aa  76.6  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2379  Radical SAM domain protein  24.65 
 
 		 623 aa  76.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  28.13 
 
 		 612 aa  75.5  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.87 
 
 		 478 aa  75.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25.57 
 
 		 563 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.79 
 
 		 600 aa  75.5  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  27.42 
 
 		 495 aa  75.5  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.13 
 
 		 612 aa  75.5  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  23.23 
 
 		 501 aa  74.3  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>