77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1414 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1414  hypothetical protein  100 
 
 		 145 aa  288  2e-77  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201843  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1398  hypothetical protein  28.38 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.792672  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0567  hypothetical protein  30.07 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.765091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2210  flavodoxin  29.17 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.129224  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7733  oxidoreductase  28.81 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0557  hypothetical protein  29.37 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1261  flavodoxin/nitric oxide synthase  34.12 
 
 		 160 aa  55.8  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.46399  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2762  hypothetical protein  29.63 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.929868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2155  hypothetical protein  28.97 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.290903 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2109  hypothetical protein  28.97 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2081  multimeric flavodoxin WrbA  27.59 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0620  TrpR binding protein WrbA  32.32 
 
 		 200 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0608  TrpR binding protein WrbA  31.31 
 
 		 198 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0460  TrpR binding protein WrbA  32.32 
 
 		 200 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6157  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.77 
 
 		 193 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295986  normal  0.101429 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3330  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.48 
 
 		 194 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.252914 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0071  NADPH-dependent FMN reductase  37.04 
 
 		 159 aa  48.1  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109479  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1813  TrpR binding protein WrbA  33.33 
 
 		 199 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000250234  hitchhiker  0.0000354309 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5822  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.66 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6006  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.66 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.768135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6187  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.66 
 
 		 163 aa  46.6  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.246576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6666  flavodoxin/nitric oxide synthase  30.08 
 
 		 163 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2493  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.77 
 
 		 174 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000345605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6351  TrpR binding protein WrbA  29 
 
 		 200 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4139  flavoprotein WrbA  42.37 
 
 		 198 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000384114  unclonable  0.00000000000397831 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5761  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.66 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.643418  normal  0.673071 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0321  hypothetical protein  22.7 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3490  NAD(P)H dehydrogenase (quinone):NADPH-dependent FMN reductase  30.65 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572882  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1931  hypothetical protein  23.81 
 
 		 150 aa  44.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2181  TrpR binding protein WrbA  30.3 
 
 		 199 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1429  hypothetical protein  23.18 
 
 		 153 aa  44.7  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2368  TrpR binding protein WrbA  30.3 
 
 		 199 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00380  TrpR binding protein WrbA  32 
 
 		 198 aa  44.3  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5173  hypothetical protein  23.45 
 
 		 152 aa  44.7  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.657133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1384  TrpR binding protein WrbA  42.37 
 
 		 200 aa  44.3  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.106085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1688  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.75 
 
 		 166 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2324  hypothetical protein  22.7 
 
 		 153 aa  43.5  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20060  hypothetical protein  24.05 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1594  TrpR binding protein WrbA  48 
 
 		 198 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4797  TrpR binding protein WrbA  30.61 
 
 		 199 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.153134  normal  0.829265 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2896  hypothetical protein  24.83 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.636465 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1242  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1277  flavoprotein WrbA  27.55 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.079206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2810  TrpR binding protein WrbA  42.19 
 
 		 199 aa  42.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.111031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4647  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 199 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1122  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98388  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1183  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1078  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1194  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1229  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.570385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2843  TrpR binding protein WrbA  30.3 
 
 		 199 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4330  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.68 
 
 		 165 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.448495  normal  0.0216763 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01014  hypothetical protein  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2638  flavoprotein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.836437  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01007  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1214  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  41.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.332262 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4220  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.68 
 
 		 165 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.681573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4280  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 199 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1117  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2120  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2591  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 198 aa  42  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.172537 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0648  hypothetical protein  25.87 
 
 		 154 aa  41.6  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4096  TrpR binding protein WrbA  29.29 
 
 		 199 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.832118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3831  TrpR binding protein WrbA  29.29 
 
 		 200 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.872601 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0737  flavoprotein WrbA  30.61 
 
 		 197 aa  41.2  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.438501  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4011  hypothetical protein  26.53 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.628439  decreased coverage  0.00529167 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1010  flavoprotein WrbA  27.1 
 
 		 201 aa  40.8  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000029905  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1505  flavoprotein WrbA  29.25 
 
 		 206 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0774654  normal  0.0461136 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0631  flavodoxin/nitric oxide synthase  30.53 
 
 		 212 aa  40.4  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2363  TrpR binding protein WrbA  29.29 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00380027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2043  TrpR binding protein WrbA  29.29 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0806093  normal  0.0679166 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0700  hypothetical protein  32.04 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2261  TrpR binding protein WrbA  29.29 
 
 		 199 aa  40.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.999788  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0979  TrpR binding protein WrbA  27.55 
 
 		 199 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2136  TrpR binding protein WrbA  29.59 
 
 		 199 aa  40  0.01  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2414  flavoprotein WrbA  40 
 
 		 200 aa  40  0.01  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2016  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  25.97 
 
 		 166 aa  40  0.01  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.172695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>