219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1234 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  100 
 
 		 193 aa  387  1e-107  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  79.27 
 
 		 193 aa  314  5e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  70.98 
 
 		 193 aa  288  5.0000000000000004e-77  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  37.17 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  39.15 
 
 		 200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  35.11 
 
 		 189 aa  124  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  38.33 
 
 		 190 aa  124  8.000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  34.59 
 
 		 190 aa  124  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 201 aa  121  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  35.23 
 
 		 194 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 193 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 189 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  34.04 
 
 		 195 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  36.7 
 
 		 194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  32.14 
 
 		 188 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  31.22 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  31.38 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  36.36 
 
 		 185 aa  104  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  30.41 
 
 		 189 aa  102  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  31.63 
 
 		 181 aa  101  7e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 		 185 aa  101  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  33.54 
 
 		 195 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  35.68 
 
 		 180 aa  100  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  29.79 
 
 		 186 aa  99  3e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 184 aa  98.6  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 		 184 aa  98.2  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  34.76 
 
 		 171 aa  97.4  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  33.94 
 
 		 184 aa  96.7  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 187 aa  96.7  2e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 187 aa  95.9  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 187 aa  95.5  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.61 
 
 		 183 aa  95.9  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  32.98 
 
 		 183 aa  95.5  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.72 
 
 		 186 aa  94.7  6e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 183 aa  94.7  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  34.81 
 
 		 194 aa  94  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.47 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  34.18 
 
 		 194 aa  92.8  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  32.28 
 
 		 184 aa  92.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  33.54 
 
 		 194 aa  92.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  29.17 
 
 		 187 aa  91.7  7e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 		 186 aa  90.1  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  29.32 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 181 aa  89.4  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 192 aa  89.4  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 174 aa  89  4e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 		 177 aa  88.6  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 194 aa  87.8  9e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 185 aa  85.9  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  34.31 
 
 		 179 aa  85.9  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 187 aa  85.5  4e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 180 aa  85.1  5e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  30.05 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  28.19 
 
 		 192 aa  85.1  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 186 aa  84.7  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 174 aa  84.3  9e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 174 aa  84.3  9e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  28.93 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  29.1 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  33.58 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  27.18 
 
 		 190 aa  80.9  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  28.11 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  27.91 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 		 184 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.27 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2412  hypothetical protein  28.04 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  27.13 
 
 		 194 aa  74.7  0.0000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.88 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.8 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2556  hypothetical protein  26.84 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  28.49 
 
 		 178 aa  72.4  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  33.09 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  26.63 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 		 184 aa  72  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 298 aa  72  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>