More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1072 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1072  ribonuclease PH  100 
 
 		 239 aa  488  1e-137  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0967941  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1289  ribonuclease PH  98.74 
 
 		 239 aa  482  1e-135  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1100  ribonuclease PH  94.98 
 
 		 241 aa  470  1e-132  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0453  tRNA nucleotidyltransferase  59.32 
 
 		 239 aa  291  9e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2684  ribonuclease PH  56.78 
 
 		 245 aa  284  7e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0123009  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1352  ribonuclease PH  58.05 
 
 		 240 aa  282  4.0000000000000003e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000399193  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  57.51 
 
 		 242 aa  280  1e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0551  ribonuclease PH  58.05 
 
 		 261 aa  280  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4389  ribonuclease PH  56.6 
 
 		 247 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000316498  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0188  ribonuclease PH  58.37 
 
 		 263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00190846  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1876  ribonuclease PH  58.62 
 
 		 238 aa  272  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000148347  hitchhiker  0.00450296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2256  ribonuclease PH  59.05 
 
 		 238 aa  271  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000012272  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15390  ribonuclease PH  55.84 
 
 		 246 aa  271  6e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.547924  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1616  ribonuclease PH  56.22 
 
 		 245 aa  271  8.000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2326  ribonuclease PH  56.96 
 
 		 232 aa  270  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00168859  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  57.51 
 
 		 239 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0837  ribonuclease PH  55.56 
 
 		 258 aa  268  5e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  54.94 
 
 		 241 aa  268  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  56.03 
 
 		 238 aa  266  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0923  ribonuclease PH  56.36 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027923 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0850  ribonuclease PH  56.03 
 
 		 256 aa  266  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0595  ribonuclease PH  54.35 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1204  ribonuclease PH  56.65 
 
 		 239 aa  264  8e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0276527  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4377  ribonuclease PH  55.56 
 
 		 245 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0247337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4218  ribonuclease PH  55.56 
 
 		 245 aa  264  1e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00495722  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4234  ribonuclease PH  55.56 
 
 		 245 aa  264  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1994  ribonuclease PH  54.08 
 
 		 235 aa  263  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1989  ribonuclease PH  54.08 
 
 		 235 aa  263  1e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  55.93 
 
 		 244 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4715  ribonuclease PH  55.56 
 
 		 245 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000515992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4571  ribonuclease PH  55.56 
 
 		 245 aa  264  1e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0845  ribonuclease PH  55.79 
 
 		 241 aa  263  1e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0758  ribonuclease PH  55.79 
 
 		 241 aa  263  1e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  54.51 
 
 		 241 aa  263  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0634  ribonuclease PH  55.13 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000189888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4621  ribonuclease PH  55.13 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0007934  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4586  ribonuclease PH  55.13 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.410943  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0010  ribonuclease PH  53.85 
 
 		 241 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1505  ribonuclease PH  54.24 
 
 		 261 aa  262  4e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3070  ribonuclease PH  56.65 
 
 		 239 aa  262  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000996913 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  54.98 
 
 		 238 aa  262  4e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4601  ribonuclease PH  55.13 
 
 		 245 aa  261  6e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074165  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2600  ribonuclease PH  56.47 
 
 		 255 aa  261  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2882  ribonuclease PH  53.22 
 
 		 237 aa  260  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1532  ribonuclease PH  54.51 
 
 		 248 aa  260  1e-68  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000668093  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1221  ribonuclease PH  53.22 
 
 		 241 aa  260  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0468806  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1795  ribonuclease PH  55.13 
 
 		 238 aa  260  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0594826  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04048  ribonuclease PH  51.93 
 
 		 237 aa  259  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  56.33 
 
 		 238 aa  259  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3463  ribonuclease PH  53.62 
 
 		 237 aa  259  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3202  ribonuclease PH  53.42 
 
 		 245 aa  259  4e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0193809  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2536  ribonuclease PH  54.31 
 
 		 248 aa  259  4e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0273793  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  55.7 
 
 		 243 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1952  ribonuclease PH  53.68 
 
 		 258 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00230423  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  54.27 
 
 		 242 aa  258  7e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  54.27 
 
 		 242 aa  258  7e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1338  ribonuclease PH  54.89 
 
 		 240 aa  257  9e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  54.08 
 
 		 239 aa  257  9e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4325  ribonuclease PH  53.88 
 
 		 243 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2089  ribonuclease PH  53.19 
 
 		 238 aa  257  1e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.504457  normal  0.102382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2658  ribonuclease PH  52.79 
 
 		 237 aa  257  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.624871  normal  0.811384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  51.93 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0519  ribonuclease PH  51.69 
 
 		 250 aa  256  3e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000647915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2240  ribonuclease PH  53.65 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000519616  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  51.27 
 
 		 246 aa  255  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  54.27 
 
 		 246 aa  255  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  54.89 
 
 		 239 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  51.27 
 
 		 246 aa  255  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  54.89 
 
 		 239 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  55.22 
 
 		 241 aa  255  5e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  52.97 
 
 		 239 aa  254  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1684  ribonuclease PH  52.34 
 
 		 240 aa  254  6e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00193197  hitchhiker  0.00000164125 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2098  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  9e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3017  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  9e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109379  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  54.59 
 
 		 238 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1584  ribonuclease PH  52.79 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1339  ribonuclease PH  53.02 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2951  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1734  tRNA nucleotidyltransferase  55.36 
 
 		 238 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1951  RNAse PH  51.74 
 
 		 246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00113986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3579  ribonuclease PH  51.93 
 
 		 253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.114203  normal  0.335877 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  50.42 
 
 		 243 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1971  ribonuclease PH  51.49 
 
 		 251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.402894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  54.08 
 
 		 237 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0567  ribonuclease PH  54.98 
 
 		 250 aa  252  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3622  ribonuclease PH  53.39 
 
 		 244 aa  251  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0193731  normal  0.687684 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  52.79 
 
 		 237 aa  251  7e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4361  ribonuclease PH  52.36 
 
 		 239 aa  251  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  hitchhiker  0.00892611 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0942  ribonuclease PH  52.99 
 
 		 247 aa  251  8.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.485263  normal  0.641045 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  53.42 
 
 		 246 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4287  ribonuclease PH  52.34 
 
 		 260 aa  251  9.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  52.79 
 
 		 238 aa  250  1e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  53.88 
 
 		 238 aa  250  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4325  ribonuclease PH  54.51 
 
 		 245 aa  251  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.215334  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  50 
 
 		 246 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  53.42 
 
 		 241 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>