More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0025 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0049  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0016  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0062  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0046  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.567197 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3645  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3670  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1733  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0024  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2972  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2743  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1810  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3702  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0013  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0056  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.220185  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3261  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0016  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.669511  normal  0.713856 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0016  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000863002  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0049  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0045  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0110  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233569  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0016  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00244932  hitchhiker  0.00000298756 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0015  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>