More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4611 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 
210 aa  409  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  73.21 
 
 
210 aa  315  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  75.36 
 
 
209 aa  313  9.999999999999999e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  58.17 
 
 
213 aa  239  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  58.1 
 
 
213 aa  219  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  54.07 
 
 
213 aa  209  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  50.72 
 
 
212 aa  203  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50 
 
 
208 aa  189  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  51.98 
 
 
212 aa  186  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  50.96 
 
 
209 aa  184  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  47.26 
 
 
210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  54.21 
 
 
210 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  54.21 
 
 
210 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  52.13 
 
 
210 aa  176  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  51.02 
 
 
210 aa  175  6e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  48.69 
 
 
210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  50 
 
 
210 aa  163  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.02 
 
 
326 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  41.55 
 
 
841 aa  154  6e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  46.49 
 
 
232 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  45.86 
 
 
232 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  45.6 
 
 
221 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.72 
 
 
219 aa  150  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  45.86 
 
 
232 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  42.63 
 
 
207 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  42.11 
 
 
207 aa  148  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  42.71 
 
 
219 aa  148  7e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  41.21 
 
 
219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4321  cobalamin B12-binding domain protein  41.54 
 
 
214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  44.51 
 
 
232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  48.48 
 
 
235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  46.91 
 
 
224 aa  145  3e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  44.39 
 
 
259 aa  145  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  45.45 
 
 
219 aa  144  8.000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  41.18 
 
 
607 aa  144  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  40.49 
 
 
214 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  44.81 
 
 
232 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  46.34 
 
 
251 aa  142  3e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  46.71 
 
 
168 aa  141  6e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  44.83 
 
 
208 aa  141  7e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  41.27 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  44.39 
 
 
217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  43.35 
 
 
214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  41.33 
 
 
804 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  44.33 
 
 
216 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  47.4 
 
 
218 aa  138  7e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  43.01 
 
 
220 aa  137  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  40.64 
 
 
839 aa  137  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  42.72 
 
 
217 aa  135  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  42.02 
 
 
800 aa  135  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  43.2 
 
 
220 aa  135  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  47.37 
 
 
216 aa  134  9e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0720  cobalamin B12-binding domain protein  41.07 
 
 
211 aa  131  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  37.91 
 
 
804 aa  130  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  41.5 
 
 
801 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  43.75 
 
 
816 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  37.77 
 
 
791 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  43.23 
 
 
212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  44.08 
 
 
556 aa  129  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  35.96 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  42.6 
 
 
802 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.24 
 
 
211 aa  125  3e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  42.41 
 
 
804 aa  126  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  41.18 
 
 
804 aa  125  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  44.19 
 
 
841 aa  125  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0847  monomethylamine corrinoid protein  40.41 
 
 
217 aa  125  5e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  44.52 
 
 
211 aa  125  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  40 
 
 
813 aa  124  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  40.82 
 
 
224 aa  124  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  40 
 
 
811 aa  123  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
216 aa  123  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0840  monomethylamine corrinoid protein  39.9 
 
 
217 aa  122  3e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.960899  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  42.02 
 
 
806 aa  122  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  38.42 
 
 
804 aa  122  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3886  cobalamin B12-binding domain protein  40.96 
 
 
215 aa  121  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000310147  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  38.31 
 
 
803 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  39.89 
 
 
818 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  35.78 
 
 
801 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  38.92 
 
 
804 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  43.75 
 
 
218 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  42.68 
 
 
213 aa  115  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  38.69 
 
 
820 aa  115  5e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0842  monomethylamine corrinoid protein  43.1 
 
 
217 aa  115  6e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  36.84 
 
 
819 aa  115  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  36.16 
 
 
216 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  36.87 
 
 
1251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  42.38 
 
 
1238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  41.72 
 
 
1244 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  41.72 
 
 
1244 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  41.72 
 
 
1233 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  41.72 
 
 
1244 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0845  monomethylamine corrinoid protein  38.64 
 
 
217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2612  methionine synthase  38.46 
 
 
894 aa  112  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.268969 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01232  methionine synthase  37.72 
 
 
917 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0491653  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3634  monomethylamine corrinoid protein  42.46 
 
 
217 aa  112  5e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  41.72 
 
 
1244 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2031  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  35.14 
 
 
1163 aa  112  6e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  40.4 
 
 
1244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  40.4 
 
 
1244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  40.4 
 
 
1244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>