More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_2492 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
302 aa  616  1e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  49.49 
 
 
302 aa  301  1e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  36.03 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.45 
 
 
309 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.47 
 
 
299 aa  152  8e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  31.37 
 
 
301 aa  149  5e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.84 
 
 
313 aa  144  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.72 
 
 
298 aa  143  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.44 
 
 
322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  28.01 
 
 
304 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.48 
 
 
307 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.48 
 
 
322 aa  123  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  30.25 
 
 
306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.62 
 
 
303 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.08 
 
 
313 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.39 
 
 
313 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.47 
 
 
319 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.52 
 
 
315 aa  102  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.44 
 
 
313 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.76 
 
 
313 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.76 
 
 
313 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 
321 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.12 
 
 
235 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  24.67 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.67 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  26.38 
 
 
327 aa  97.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.32 
 
 
320 aa  96.7  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.97 
 
 
335 aa  95.9  8e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.38 
 
 
312 aa  95.5  9e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
231 aa  94.7  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.36 
 
 
317 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.98 
 
 
321 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.29 
 
 
177 aa  93.6  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.89 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.08 
 
 
321 aa  92.4  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
318 aa  92.4  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.47 
 
 
324 aa  92.4  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.51 
 
 
324 aa  91.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25 
 
 
328 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.67 
 
 
319 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.41 
 
 
336 aa  90.9  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 
324 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
230 aa  89.4  6e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  28.02 
 
 
326 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.24 
 
 
321 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
333 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.15 
 
 
229 aa  88.6  1e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.19 
 
 
328 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.52 
 
 
317 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.64 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.75 
 
 
316 aa  86.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  26.57 
 
 
320 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  25.08 
 
 
336 aa  85.5  9e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.16 
 
 
316 aa  85.1  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.6 
 
 
323 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.09 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  26.47 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  25.16 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.74 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.48 
 
 
325 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.59 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  26.09 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  26.09 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.96 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.35 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  25.6 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.75 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  29.25 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.89 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
360 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  22.8 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.25 
 
 
228 aa  79.7  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.62 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  25 
 
 
318 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  22.15 
 
 
332 aa  79  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.6 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.52 
 
 
230 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.98 
 
 
330 aa  78.6  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.93 
 
 
315 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.36 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  29.52 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  23.71 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.93 
 
 
232 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.39 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
322 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.21 
 
 
233 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.32 
 
 
335 aa  77.4  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  30.05 
 
 
230 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  30.05 
 
 
230 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  23.33 
 
 
323 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.35 
 
 
232 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  44.83 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.79 
 
 
347 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.31 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  24.52 
 
 
317 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.68 
 
 
339 aa  75.1  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
322 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>