More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_2390 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 302 aa  624  1e-178  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  39.49 
 
 		 318 aa  218  7e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 		 304 aa  211  9e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  40.57 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  37.81 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  36.05 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  37.81 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  38.59 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.83 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 285 aa  199  5e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.3 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  38.76 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 297 aa  195  9e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.37 
 
 		 292 aa  195  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.9 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  38.37 
 
 		 297 aa  193  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.13 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.37 
 
 		 297 aa  193  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.91 
 
 		 275 aa  192  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  32.65 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.38 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  37.91 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.42 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  39.27 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.43 
 
 		 301 aa  186  6e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 		 334 aa  185  8e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.47 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.69 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.41 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.32 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.32 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.32 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  37.3 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.77 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 319 aa  182  6e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  38.32 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0410  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.96 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.96 
 
 		 302 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  35.89 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.89 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.89 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  39.93 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  34.22 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  37.62 
 
 		 341 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.49 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  38.57 
 
 		 331 aa  179  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  34.75 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  37.35 
 
 		 377 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.11 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  38.69 
 
 		 316 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.54 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  36.72 
 
 		 341 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  38.32 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.51 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  38.28 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.53 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.42 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  41.06 
 
 		 482 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.86 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.56 
 
 		 343 aa  175  9e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.56 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.68 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  39.14 
 
 		 343 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.86 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.59 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.03 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  37.37 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.34 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  36.58 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.21 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  36.88 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  36.81 
 
 		 352 aa  170  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.05 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  35.91 
 
 		 331 aa  169  5e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  35.25 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.73 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>