More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_2038 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_2038  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  631  1e-180  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.19 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  25.71 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  24.68 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  27.09 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0809  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.82 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  21.64 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.5 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  26.73 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.81 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.81 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.81 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.1 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.69 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0616  transcriptional regulator, LysR family  23.69 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  23.13 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  23.77 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  26.23 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  26.64 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  23.57 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  25.4 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  24.72 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  23.78 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  22.96 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  27.78 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3416  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 		 288 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.144678  normal  0.641219 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.41 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 307 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  22.27 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>