99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1844 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1844  putative transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 		 150 aa  317  3e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000616925  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  37.1 
 
 		 518 aa  85.9  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  32.56 
 
 		 520 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  31.65 
 
 		 518 aa  70.9  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  32.19 
 
 		 421 aa  68.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  34.78 
 
 		 435 aa  67.4  0.00000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  27.2 
 
 		 515 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  26.81 
 
 		 563 aa  61.2  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 564 aa  54.7  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  25.85 
 
 		 513 aa  53.5  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.61 
 
 		 518 aa  53.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  22.9 
 
 		 350 aa  50.8  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  28.57 
 
 		 478 aa  50.4  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  28.35 
 
 		 383 aa  49.7  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 376 aa  50.1  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  27.07 
 
 		 407 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  33.33 
 
 		 619 aa  50.1  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2197  transcriptional regulator, PucR family  36.21 
 
 		 540 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000143617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.13 
 
 		 379 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  28.91 
 
 		 413 aa  48.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  23.97 
 
 		 411 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 372 aa  48.5  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  27.18 
 
 		 412 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  26.77 
 
 		 382 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  26.74 
 
 		 416 aa  48.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  35.48 
 
 		 399 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  35.48 
 
 		 399 aa  47.4  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  30.77 
 
 		 445 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.85 
 
 		 480 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  32.22 
 
 		 381 aa  46.6  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  24.29 
 
 		 555 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  41.82 
 
 		 454 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  37.31 
 
 		 519 aa  46.2  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  23.81 
 
 		 375 aa  45.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  21.14 
 
 		 359 aa  44.7  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  24.14 
 
 		 375 aa  44.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  37.5 
 
 		 665 aa  44.7  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27560  regulatory helix-turn-helix protein, lysR family  32.26 
 
 		 413 aa  44.7  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.144166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  40 
 
 		 459 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  23.24 
 
 		 313 aa  44.3  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  22.45 
 
 		 313 aa  44.3  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 410 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 410 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 410 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  24.81 
 
 		 387 aa  43.9  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  20.27 
 
 		 403 aa  43.9  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  24.69 
 
 		 562 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 410 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  25.58 
 
 		 413 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  25.77 
 
 		 600 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 558 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  21.8 
 
 		 364 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.44 
 
 		 385 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 429 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1306  CdaR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 515 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00277774  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 429 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1425  putative transcriptional regulator, PucR family  34.78 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  24.79 
 
 		 380 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  38.98 
 
 		 505 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.36 
 
 		 376 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.21 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  26.36 
 
 		 413 aa  42.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 429 aa  42.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  23.45 
 
 		 375 aa  42.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.36 
 
 		 385 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  25.58 
 
 		 413 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  21.74 
 
 		 558 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 552 aa  42  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.47 
 
 		 385 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  23.74 
 
 		 436 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.47 
 
 		 385 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.47 
 
 		 385 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.47 
 
 		 385 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.47 
 
 		 385 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  25.64 
 
 		 415 aa  41.6  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  25.2 
 
 		 387 aa  41.6  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.48 
 
 		 385 aa  41.2  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 514 aa  41.2  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  32.93 
 
 		 639 aa  41.2  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  30.65 
 
 		 554 aa  41.2  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  29.17 
 
 		 740 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.44 
 
 		 384 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.38 
 
 		 385 aa  40.8  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  29.89 
 
 		 404 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2802  Fis family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 384 aa  40.4  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.48 
 
 		 385 aa  40.8  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  23.62 
 
 		 385 aa  40.8  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  41.67 
 
 		 429 aa  40.4  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  37.04 
 
 		 522 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  24.81 
 
 		 413 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 425 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  40.82 
 
 		 404 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 361 aa  40.4  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>