More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0161 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
321 aa  655    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  52.66 
 
 
319 aa  329  4e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.16 
 
 
322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  47.15 
 
 
347 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.06 
 
 
320 aa  294  1e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.56 
 
 
332 aa  286  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  45.7 
 
 
333 aa  286  4e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  46.25 
 
 
332 aa  285  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.25 
 
 
332 aa  285  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.47 
 
 
333 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  46.25 
 
 
332 aa  285  8e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  45.94 
 
 
332 aa  285  9e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.94 
 
 
332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.94 
 
 
332 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.62 
 
 
332 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  47.42 
 
 
324 aa  282  5.000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  47.42 
 
 
324 aa  282  5.000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  45 
 
 
332 aa  280  3e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  43.3 
 
 
322 aa  280  3e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  45.93 
 
 
318 aa  278  9e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  44 
 
 
326 aa  275  7e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  44 
 
 
326 aa  275  7e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.72 
 
 
328 aa  272  7e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.28 
 
 
351 aa  270  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.63 
 
 
353 aa  265  8e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.25 
 
 
334 aa  263  3e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  44.69 
 
 
355 aa  261  8e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.85 
 
 
337 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 
354 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.54 
 
 
343 aa  259  6e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.04 
 
 
327 aa  259  6e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  44.85 
 
 
333 aa  258  8e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 
355 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 
355 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 
355 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.01 
 
 
355 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.08 
 
 
355 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  44.01 
 
 
355 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.52 
 
 
355 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.08 
 
 
355 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  42.77 
 
 
357 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 
328 aa  255  7e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.52 
 
 
332 aa  255  7e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  43.08 
 
 
356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  42.31 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.48 
 
 
356 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.58 
 
 
317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.22 
 
 
346 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
333 aa  253  3e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.41 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  43.41 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  43.41 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  42.05 
 
 
324 aa  253  3e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.41 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  41 
 
 
317 aa  253  3e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.41 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.41 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.06 
 
 
332 aa  252  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.09 
 
 
357 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.88 
 
 
381 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.74 
 
 
327 aa  250  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  42.26 
 
 
320 aa  249  3e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.85 
 
 
348 aa  249  3e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  42.01 
 
 
334 aa  250  3e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 
332 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.76 
 
 
331 aa  248  9e-65  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.63 
 
 
350 aa  248  1e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.97 
 
 
337 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  43.86 
 
 
343 aa  247  2e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.39 
 
 
347 aa  247  2e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.24 
 
 
353 aa  246  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  44.6 
 
 
333 aa  246  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.33 
 
 
349 aa  245  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.73 
 
 
352 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  42.24 
 
 
353 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  41.25 
 
 
353 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.79 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  44.7 
 
 
336 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  46.53 
 
 
353 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.09 
 
 
354 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  46.3 
 
 
334 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.16 
 
 
343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  42.06 
 
 
338 aa  242  5e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.81 
 
 
327 aa  242  7e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.39 
 
 
352 aa  241  7.999999999999999e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.33 
 
 
352 aa  241  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43 
 
 
337 aa  241  9e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.99 
 
 
323 aa  241  9e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  41.93 
 
 
351 aa  241  2e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.09 
 
 
354 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  42.76 
 
 
370 aa  239  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  40.66 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.5 
 
 
327 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  40.92 
 
 
356 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  41.53 
 
 
325 aa  238  9e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.63 
 
 
332 aa  238  9e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.3 
 
 
356 aa  238  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  44.6 
 
 
354 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  42.21 
 
 
346 aa  238  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.19 
 
 
328 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>