More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0131 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 
1148 aa  691    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 
1164 aa  689    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  41.72 
 
 
1148 aa  770    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.04 
 
 
1157 aa  748    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 
1149 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 
1122 aa  714    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 
1155 aa  736    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  43.57 
 
 
1169 aa  902    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  36.79 
 
 
1157 aa  655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 
1176 aa  1012    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  49.25 
 
 
1169 aa  1066    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  40.91 
 
 
1165 aa  748    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 
1122 aa  644    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 
1164 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 
1163 aa  657    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 
1176 aa  1012    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 
1178 aa  1012    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 
1176 aa  1012    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 
1147 aa  660    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 
1153 aa  679    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.84 
 
 
1153 aa  681    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  41.96 
 
 
1121 aa  673    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  40.73 
 
 
1210 aa  766    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 
1160 aa  661    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  35.57 
 
 
1146 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  49.54 
 
 
1198 aa  650    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 
1188 aa  702    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 
1149 aa  664    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 
1184 aa  667    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 
1149 aa  667    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 
1265 aa  786    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.92 
 
 
1161 aa  759    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 
1156 aa  656    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  35.76 
 
 
1164 aa  653    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  44.46 
 
 
1192 aa  647    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 
1166 aa  709    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  45.62 
 
 
1192 aa  640    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.74 
 
 
1158 aa  796    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 
1145 aa  667    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 
1162 aa  660    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  47.5 
 
 
1176 aa  1012    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  45.77 
 
 
1234 aa  654    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.86 
 
 
1153 aa  697    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 
1156 aa  672    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 
1177 aa  656    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  46.5 
 
 
1183 aa  1026    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 
1161 aa  665    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  40 
 
 
1241 aa  728    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 
1208 aa  680    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 
1171 aa  636    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 
1162 aa  657    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 
1175 aa  643    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  44.17 
 
 
1168 aa  883    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 
1148 aa  687    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 
1134 aa  677    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  34.69 
 
 
1201 aa  649    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  45.35 
 
 
1178 aa  987    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 
1179 aa  671    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  41.16 
 
 
1179 aa  880    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 
1150 aa  663    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  40.78 
 
 
1159 aa  817    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 
1182 aa  742    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 
1149 aa  649    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 
1156 aa  657    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 
1211 aa  724    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  39.89 
 
 
1216 aa  762    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.87 
 
 
1160 aa  690    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.11 
 
 
1167 aa  664    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  40.11 
 
 
1148 aa  759    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  43.95 
 
 
1162 aa  948    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  43.86 
 
 
1162 aa  951    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  44.17 
 
 
1168 aa  883    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 
1180 aa  667    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 
1160 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 
1160 aa  674    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 
1166 aa  639    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 
1178 aa  666    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  40.07 
 
 
1073 aa  777    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 
1172 aa  676    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 
1185 aa  655    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  37.17 
 
 
1148 aa  669    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  41.39 
 
 
1162 aa  823    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 
1188 aa  778    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  42.74 
 
 
1165 aa  855    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 
1179 aa  799    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  41.62 
 
 
1168 aa  790    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  41.93 
 
 
1222 aa  741    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  36.71 
 
 
1156 aa  657    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 
1189 aa  739    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 
1198 aa  686    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.16 
 
 
1160 aa  675    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  49.09 
 
 
1192 aa  679    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 
1177 aa  765    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  39.37 
 
 
1211 aa  724    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 
1154 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  39.45 
 
 
1224 aa  777    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.72 
 
 
1155 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 
1211 aa  724    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  39.7 
 
 
1212 aa  720    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 
1173 aa  675    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>