More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0002 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
367 aa  741  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.99 
 
 
365 aa  323  3e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.81 
 
 
370 aa  281  9e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.97 
 
 
367 aa  277  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.43 
 
 
370 aa  275  1e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.54 
 
 
378 aa  257  3e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  35.64 
 
 
376 aa  254  1e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.94 
 
 
366 aa  253  3e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  37.11 
 
 
377 aa  253  4e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  35.17 
 
 
381 aa  251  1e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  35.17 
 
 
381 aa  251  1e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  249  4e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  249  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.91 
 
 
381 aa  249  5e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  249  7e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  249  8e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  249  8e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  36.24 
 
 
366 aa  248  9e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.12 
 
 
381 aa  247  3e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 
379 aa  247  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.77 
 
 
377 aa  244  3e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.77 
 
 
377 aa  244  3e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.73 
 
 
389 aa  243  5e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
378 aa  240  3e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.51 
 
 
366 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.51 
 
 
366 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  34.31 
 
 
378 aa  235  8e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  34.31 
 
 
378 aa  235  1e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  34.41 
 
 
374 aa  234  1e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  1.16577e-06 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  34.31 
 
 
378 aa  234  1e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
365 aa  233  5e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
374 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  32.61 
 
 
366 aa  224  1e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
380 aa  224  1e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
370 aa  223  6e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
369 aa  221  2e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 
374 aa  216  7e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  34.15 
 
 
367 aa  214  2e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
377 aa  208  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  33.06 
 
 
366 aa  207  3e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.79 
 
 
365 aa  206  4e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  32.09 
 
 
377 aa  206  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  35.7 
 
 
409 aa  205  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.27 
 
 
372 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.27 
 
 
372 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 
375 aa  202  6e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  31.1 
 
 
372 aa  201  2e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  32.17 
 
 
412 aa  201  2e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.9 
 
 
372 aa  201  2e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.37 
 
 
372 aa  199  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.63 
 
 
374 aa  197  2e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.91 
 
 
374 aa  198  2e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 
378 aa  196  4e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.83 
 
 
372 aa  196  4e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  31.33 
 
 
382 aa  194  2e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  29.44 
 
 
376 aa  194  3e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  31.28 
 
 
372 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 
372 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.67 
 
 
372 aa  192  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.4 
 
 
390 aa  192  1e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.35 
 
 
366 aa  191  1e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  30.65 
 
 
372 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.02 
 
 
378 aa  191  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.47 
 
 
397 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  31.2 
 
 
397 aa  190  3e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  32.53 
 
 
367 aa  190  4e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  30.59 
 
 
376 aa  190  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.53 
 
 
372 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
372 aa  189  9e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 
373 aa  188  1e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  30.42 
 
 
376 aa  188  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
372 aa  189  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.91 
 
 
369 aa  188  1e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  3.52181e-08 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 
372 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  31.2 
 
 
385 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.64 
 
 
387 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  30.32 
 
 
376 aa  187  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 
372 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  30.32 
 
 
376 aa  187  3e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  30.32 
 
 
376 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 
372 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 
373 aa  186  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 
381 aa  186  7e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 
372 aa  186  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  29.46 
 
 
374 aa  185  1e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
376 aa  185  1e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  30.05 
 
 
376 aa  185  1e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  29.52 
 
 
376 aa  184  2e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  30.52 
 
 
366 aa  184  2e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.26321e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  29.16 
 
 
367 aa  184  2e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.22 
 
 
372 aa  184  2e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 
373 aa  184  2e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  33.24 
 
 
366 aa  184  3e-45  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  30.05 
 
 
376 aa  184  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
366 aa  184  3e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.3 
 
 
375 aa  183  4e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  32.91 
 
 
393 aa  183  4e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 
375 aa  183  4e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  32.91 
 
 
393 aa  183  4e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>