263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0059 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1222  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.335805  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0031  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.647879  normal  0.980358 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3787  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3790  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.226409  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0071  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135255  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0097  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000321345  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0051  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000340535  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0297  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000682634  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0563  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0024  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.158579  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>